Hay dos grupos de tumbas excavadas en la roca en el-Amarna situados en los extremos norte y sur de los acantilados que rodean a la ciudad de Akhetatón. Estas son las tumbas de los funcionarios favorecidos de la corte de Akhenatón. Entre las tumbas del norte y del sur se encuentra la entrada del Wadi Real (Wadi Abu Hasa el-Bahari) en el que se construyó la tumba del propio rey.

La entrada al Wadi Real se dice a menudo que tiene la forma del símbolo jeroglífico del horizonte, el Akhet, en el centro del cual sale el sol cada mañana. Fue quizás esta forma natural la que determinó a Akhenatón el sitio de su nueva ciudad aquí en la amplia llanura de arena en la orilla oriental del Nilo. Hasta hace poco el wadi ha sido un lugar bastante inaccesible con una pista estrecha de cantos rodados que conduce a la tumba real. La tumba de Akhenatón se encuentra en un pequeño valle lateral del wadi principal, que implica un paseo de 6 km desde la boca del wadi. Sin embargo, desde 2004 hay un nuevo camino asfaltado hasta la tumba real, haciendo el acceso para los visitantes mucho más fácil.

La Tumba Real se comenzó con proporciones similares a las tumbas anteriores del Valle de los Reyes en Tebas. Sin embargo, fueron excavadas varias cámaras funerarias subsidiarias para los miembros de la familia real después de la temprana muerte de la segunda hija del Rey, Meketatón. ¿El Rey nunca fue enterrado aquí?. Esta es una pregunta difícil de responder con certeza, aunque fueron descubiertos fragmentos del sarcófago de Akhenatón y un gran número de ushebti perteneciente al Rey, lo que sugiere que el Rey fue enterrado aquí después de su muerte, probablemente en el año 17 de su reinado. Cuando la tumba fue encontrada por primera vez en la década de 1880 por los habitantes locales ya había sido saqueada y dañada gravemente.

La entrada a la tumba real está en el nivel del suelo del valle, en la pared este, lo que sugiere que pudo haber sido diseñada para recibir los rayos del sol iluminando la tumba cada mañana. Alternativamente, pudo haber sido intención del rey que la energía divina inundara la tumba al amanecer para despertar el templo y la ciudad. Un empinado tramo de escaleras de piedra, con una rampa central para permitir el acceso del sarcófago durante la construcción, lleva hacia un ancho corredor inclinado. En el otro extremo del pasillo está la cámara funeraria del Rey con restos de dos pilares cuadrados sobre una plataforma elevada. La cámara tenía originalmente cuatro pilares, pero dos de ellos fueron probablemente cortados cuando se necesitó un espacio extra para el sarcófago de la madre del rey, Tiy, fragmentos de los cuales han sido identificados en los últimos años. Se inició una pequeña cámara en la pared superior de la derecha pero dejó sin terminar.

Únicamente han perdurado frágiles restos de decoración a nivel del techo con los nombres y cargos de Atón, Akhenatón y Nefertiti Las escenas que decoraban las paredes de la cámara funeraria eran de ceremonias de ofrendas a Atón oficiadas por la familia real. Antes de la cámara funeraria se construyó un pozo, una característica que aparecería después en muchas tumbas reales Tebanas. Las paredes de la parte superior del pozo estaban cubiertas y decoradas con relieves de la familia real.

Antes de llegar al pozo, volviendo hacia la entrada de la tumba, en la parte superior de un corto tramo de escaleras, una puerta conduce a tres apartamentos. Desde su descubrimiento han sido conocidos como cámaras alfa, beta y gamma y se identificaron como las cámaras funerarias de la princesa Meketatón. La sala central (beta) está sin decorar, pero las otras dos salas estaban decoradas con escenas de la familia real, talladas y pintadas, haciendo ofrendas a Atón. En la cámara alfa hay escenas que representan al rey y a la reina de luto por la muerte de una mujer en un féretro. Detrás de la pareja real una nodriza lleva un bebé en sus brazos y la presencia de un portador del abanico sugiere que el niño también era real. Se supone que la escena representa a una madre muerta después del parto. Aunque mejor conservada que otras cámaras en la Tumba Real, las escenas en la cámara alfa están dañadas y la mujer no tiene nombre, pero una escena similar del lecho de muerte de la cámara gamma nombre a la difunta como la Princesa Meketatón. Esto da lugar a la idea de que las tres cámaras pertenecían a la segunda hija del rey, que probablemente murió en el parto. Este supuesto ha sido recientemente cuestionado y ahora se supone que el cuerpo representado en las paredes de la cámara alfa podría haber sido de otra mujer real, posiblemente la esposa menor del rey Kiya, que es candidata para ser la madre de Tutankamón, o bien otra hija. Los detalles de los relieves en estas cámaras fueron copiados por los epigrafistas franceses en 1894 en un momento en que las escenas estaban todavía casi completas, y sin estos dibujos se sabría mucho menos del misterioso ocupante de estos aposentos.

Continuando por el corredor principal hacia la entrada, se abre otra puerta a un corredor más sinuoso que conduce a una serie de cámaras. Se asume que pudo haber sido una tumba secundaria real destinada a la sepultura de la reina Nefertiti, o las cámaras de reenterramiento para Amenhotep III, que quedaron sin terminar y sin decorar.

Los misterios de la Tumba Real de Amarna sólo parecen aumentar con el tiempo y con cada nueva investigación. Habían sido excavadas otras tumbas en el Wadi Real, tanto en el wadi principal como en los valles secundarios del norte y del sur, pero todas ellas quedaron sin terminar. En los últimos años se han encontrado muchos objetos en el área de la Tumba Real, dando lugar a diversas teorías sobre la historia de la familia real, pero todavía tenemos muy poca información verídica de ese enigmático período de la historia.