El Templo de Amón de Tutmosis III esta en Deir el-Bahri, en medio de los templos de Mentuhotep y de Hatshepsut. Fue destruido en gran parte en la antigüedad cuando quedó oculto por las rocas caída desde el acantilado de detrás. La calzada, el quiosco y la capilla con columnas Hathoricas vinculadas a este templo se conocían previamente, pero no fue hasta 1961-2, durante la restauración del vecino templo de Hatshepsut cuando se descubrieron muchas de las columnas y fragmentos de paredes de este templo enterradas.

El templo funerario de Tutmosis III está más al sur de Deir el-Bahari, cerca de la carretera. Aunque quedan pocos restos, actualmente se encuentra en excavación en un proyecto conjunto de la SCA y de la Academia de Bellas Artes de Sevilla en España.

Su templo de Deir el-Bahri parece haber sido un templo de culto llamado Djeser-Akhet (Sagrado Horizonte), dedicado al dios Amón y, posiblemente utilizado en relación con las celebraciones de la "Bella Fiesta del Valle" durante la Dinastía XVIII. Los restos del templo consisten sobre todo en la sala de columnas en las que aún se pueden ver las bases de las columnas y algunas de las columnas redondas. Parte del pavimento en frente de la sala está in situ, y hay muchos bloques dispersos y fragmentos arquitectónicos con relieves y textos. El Santuario de Hathor (ahora en el Museo de El Cairo) fue encontrado por Naville en 1912.

Se encontraron las jambas de granito de las puertas de la cámara interior con el nombre del Rey inscrito, así como varias estatuas de Tutmosis III, y de otras personas, y dos fragmentos de relieves de bellos colores que se pueden verse en Museo de Luxor. El quiosco de Tutmosis III está al este del templo de Amón, en la calzada, y sustituye al edificio original de Tutmosis I.