El templo funerario de Merenptah está situado en la parte derecha de la carretera de la necrópolis, al norte de la Inspección de Antigüedades y al lado del Hotel Marsam.

Merenptah fue hijo y sucesor de Ramsés II. Su templo ha sido destruido, probablemente debido a su posición cercana a la zona de inundación del Nilo y al aumento de la crecida que también destruyó el templo de Amenhotep III. Merenptah utilizó en la construcción de su propio monumento muchos bloques del templo de Amenhotep y de otros templos situados en las cercanías. Petrie fue el primero en investigar el sitio en la década de 1890, descubriendo muchos bloques de épocas anteriores, y en las dos últimas décadas del siglo XX el Instituto Suizo de Arqueología ha estado trabajando en la excavación y restauración de los restos del sitio.

La estructura era bastante típica de un templo funerario de finales del Imperio Nuevo. La planta es similar a la de su abuelo Seti I, en Qurna, y ha sido copiado gran parte del diseño del templo funerario del Rameseo de su padre. Había dos pilonos y patios y parece que el edificio original fue modificado y ampliado para sustituir los pilonos de adobe por otros de piedra y añadir las estatuas del rey en los pilares. En el primer patio se encontró una enorme estela de Amenhotep III que tenía en el reverso textos inscritos por Merenptah dictando sus victorias en la guerra de Libia y haciendo la paz con los Hititas. El texto poético, del año 5° de Merenptah, que se conoce como la "Estela de Israel", incluye la primera referencia histórica a Israel, afirmando solamente que los israelitas "ya no están en Egipto". La estela original se encuentra ahora en el Museo de El Cairo y se ha puesto una reproducción en el templo de Merenptah.

El segundo pilono estaba en la zona desertica, en un terreno más alto de suave pendiente. El segundo patio tenía tres pórticos con pilares osiriacos. El pórtico occidental forma parte de la fachada del templo con dos salas hipóstilas, la primera con doce columnas y la segunda con ocho. A partir de esta sala, había cámaras laterales, la zona del Santuario y capillas de la barca para la tríada tebana de Amón, Mut y Khonsu. Había una capilla de Osiris al sur y un patio solar con un gran altar al norte, similar al del Templo de Seti I. Se adjuntó un lugar de sacrificios en la esquina noroeste del edificio.

Se añadieron edificios subsidarios al sur: una casa de sacerdotes y un complejo de talleres. El templo estaba rodeado de edificios de adobe, como un pequeño palacio adosado a la muralla sur y filas de almacenes de ladrillo. También tenía dentro del recinto del templo un pequeño lago sagrado.