Pepi II (Neferkare), el hermano menor y sucesor de Merenre, llegó al trono de Egipto como un niño pequeño y es generalmente aceptado que gobernó durante noventa y cuatro años (según Manetón). Su pirámide en el extremo sur de la necrópolis de Saqqara Sur fue la última de las tradicionales tumbas reales del Imperio Antiguo. Su monumento se encuentra al Sur del complejo de Merenre.

Como la mayoría de los monumentos del Imperio Antiguo, la pirámide de Pepi II fue investigada por primera vez por Perring en la década de 1830 y abierta por Gaston Maspero en 1881 durante su búsqueda de los Textos de las Pirámides. La pirámide casi le cuesta la vida a Maspero cuando quedó enterrado en una de las cámaras por la caída de la mampostería y tuvo que ser rescatado por Emile Brugsch. Una investigación sistemática fue realizada por Gustave Jequier entre 1926 y 1932, momento en el cual sólo quedaba un bajo montículo.

La pirámide era de un tamaño estándar. El núcleo estaba construido en cinco escalones con pequeños bloques de piedra caliza unidas con mortero de barro. La cubierta era de fina piedra caliza blanca de Tura. En algún momento de la construcción se decidió ampliar la estructura con una franja de adobe de 6,5m de ancho alrededor del nivel del tercer escalón, que requirió el desmontaje y reconstrucción de la capilla Norte y del muro del recinto que ya había sido acabado. La explicación de esta modificación sigue siendo un misterio para los egiptólogos. Se ha sugerido que fue por motivos religioso para elevar la plataforma, tal vez para que se pareciera a la forma del jeroglífico de la pirámide, o que se trataba de un refuerzo estructural del monumento.

Las cámaras subterráneas conservan la planta estándar de la época. Desde la capilla de la entrada, en el lado Norte, un pasaje descendente lleva al vestíbulo donde Jequier encontró muchos fragmentos de vasijas de alabastro y diorita así como una hoja de cuchillo o espátula de oro. El corredor horizontal estaba bloqueado por un rastrillo de tres grandes losas, las paredes están inscritas con Textos de las Pirámides. La antecámara y la cámara funeraria, al Oeste, tenían una bóveda pintada con estrellas, pero la cámara del Este no tenía nichos de estatuas. La pared Oeste de la cámara funeraria estaba pintada con el motivo de cabaña de caña y enfrente está situado el sarcófago de granito negro de Pepi, con inscripciones de los nombres y títulos del Rey. El sarcófago estaba completamente decorado con motivos de falsa puerta pintados de verde; en el suelo había un hueco para los vasos canopos. Se encontró la tapa del sarcófago en la tumba pero la momia del Rey no se ha descubierto. Las otras paredes de la cámara funeraria y de la antecámara estaban cubiertas de Textos de las Pirámides.

Por alguna razón, Pepi II eligió el sitio de su pirámide a sólo 120m de distancia de la tumba de la Dinastía IV de Shepseskaf, conocida como la "Mastaba el-Faraun", que casi linda con el complejo de Pepi. Su templo funerario, en el lado Este de la pirámide, es de diseño clásico pero con una característica inusual de tres cámaras o capillas, antes de la entrada, que pueden haber tenido un significado religioso específico. El patio porticado abierto contenía originalmente 18 pilares rectangulares de cuarcita, uno de los cuales permanece in situ y tiene representada la figura del Rey abrazando a Re-Horakhty. Se han conservado restos de relieves religiosos en la entrada de las partes internas del templo funerario, en el corredor transversal y en la sala de ofrendas. En la capilla de culto con cinco nichos se encontró una estatua de alabastro de Pepi II niño. Las partes importantes del templo han sido restauradas. La habitual pirámide satélite de culto estaba en la esquina sureste dentro del recinto del complejo de Pepi.

Las tres esposas de Pepi tenía sus complejos funerarios propios en la esquina noreste de la pirámide del Rey.

La calzada de Pepi II da dos giros antes de llegar a su templo del valle con el fin de aprovechar la pendiente del terreno. La calzada tiene restos de escenas que representan el cortejo fúnebre, portadores de ofrendas y relieves del Rey representado como una esfinge masacrando a los prisioneros.

El Templo del valle del Rey difiere de la planta clásica, se podía llegar a él desde el desierto o de el puerto. Se iniciaba con una gran terraza rectangular con rampas a cada lado hacia el puerto que proseguía el curso de un canal. En el centro de la pared de la terraza había una sola puerta de granito rojo con inscripciones de los nombres y títulos de Pepi, que fue, probablemente, la entrada al complejo utilizada durante la procesión funeraria del Rey.