Pepi I (Meryre) fue el segundo Rey de la Dinastía VI, hijo de Teti y de la Reina Iput. En el momento de su reinado Saqqara Norte estaba llena de enterramientos y Pepi eligió una ubicación en el desierto inmediatamente al Sur de la principal necrópolis de Saqqara para su sitio funerario. Su complejo piramidal se llama "Men-nefer-Pepy", "Pepi es Estable y hermoso". La pirámide está es un estado ruinoso y se asemeja a una baja colina de sólo 12 metros de altura. El sitio se encuentra al noroeste de la moderna aldea de Saqqara.

La pirámide fue investigada por Perring en la década de 1830 y en 1880 por los hermanos Brugsch que descubrieron columnas verticales de textos pintados de verde en las paredes de la cámara funeraria. Este fue el primer ejemplo que se encontró de una pirámide decorada, aunque no sea la primera que lo hizo. La pirámide de Pepi fue la que inició la búsqueda de Gaston Maspero de otras inscripciones jeroglíficas que llevó al estudio detallado de los "Textos de las Pirámides". Durante la última parte del siglo XX, la Misión Arqueológica Francesa en Saqqara ha vuelto a excavar el complejo de pirámides, especialmente en las áreas del templo funerario y de las pirámides de la reinas.

La pirámide de Pepi fue construida originalmente con un núcleo de seis escalones de pequeños bloques de piedra caliza y mortero, similar a los monumentos de Teti y Djedkare Isesi. La cubierta de piedra caliza blanca sólo se puede ver en el nivel más bajo de la estructura.

Se entra a la pirámide desde la pared Norte, donde parte un corredor descendente desde lo que probablemente fue una capilla de entrada, hasta un vestíbulo y un corredor horizontal, que estuvo bloqueado por un rastrillo de tres losas de granito. Una antecámara se encuentra directamente debajo del vértice de la pirámide y en el lado Este se encuentra el habitual almacén con tres nichos o cámaras de estatua y la cámara funeraria abovedada al Oeste. El techo de la cámara funeraria estaba pintado con estrellas blancas sobre un fondo negro y las paredes fueron pintadas con el motivo de caña trenzada. La cámara funeraria, la antecámara e incluso el corredor de acceso tienen relieves con los Textos de las Pirámides, una versión extendida de los que se encuentran en las pirámides anteriores, pero gran parte de las inscripciones fueron encontradas fragmentadas y los arqueólogos franceses han pasado muchos años montándolos de nuevo. Durante la restauración de los textos han sido descubiertos muchos detalles interesantes, incluyendo el nombre de trono anterior de Pepi, Nefersahor, que debió de ser cambiado más tarde por Meryre.

El sarcófago de piedra negra del Rey se encuentra contra la pared Oeste de la cámara funeraria y contenía una línea de Textos de las Pirámides alrededor de las superficies interiores y exteriores. Después de una investigación a fondo, se cree que pudo haber sido un sarcófago sustituto, el original pudo dañarse antes de la sepultura y necesitar ser repuesto. Se encontró un fragmento de la momia en las cámaras subterráneas, pero no se sabe si pertenece al Rey, a pesar de que se encontró una pieza de lino que tenía la inscripción "ropa de lino para el Rey del Alto y Bajo Egipto" con los nombres y títulos de Pepi (actualmente en el Museo de El Cairo). También se encontró un cofre de granito rosa puesto en el suelo delante del sarcófago, con fragmentos de vasos canopos de alabastro. Cerca de ellos había un paquete de vísceras de uno de los vasos canopos, bien envuelto en lino y todavía con la forma del vaso.

El Templo funerario de Pepi sigue la planta clásica a la que habían llegado los templos funerarios de la época. Ha estado sujeto a grandes daños por los antiguos saqueadores de piedra (incluso hay restos de un horno de cal de combustión), pero pese a todo, la planta del templo está claramente marcada. Un estrecho vestibulo de entrada, flanqueado por almacenes, conduce a un patio porticado abierto, mientras la parte interior contenía la capilla de las cinco estatuas y una sala de ofrendas rodeada de almacenes. En la parte suroeste del templo se encontraron varias estatuas dañadas de piedra caliza de presos sin cabeza, atados y de rodillas, que estaban destinadas a los hornos de cal. Estas estatuas podían haber pertenecido al patio columnado o al vestidor de entrada donde estaba simbolizada la conquista de Pepi al demonio, o incluso provenían de la calzada. En el templo funerario aún se puede ver los restos de una falsa puerta.

En la esquina sureste de la pirámide de Pepi hay una pequeña pirámide satélite mejor conservada que su templo funerario y, aunque también está muy dañada, quedan restos de la piedra de su cubierta, incluso se ha encontrado el piramidion. La estatua y los fragmentos de la estela de ofrendas sugieren que el culto a Pepi I continuó hasta el Imperio Medio. Se encontró entre los escombros del templo funerario una estatua bloque con el nombre de Smenkhuptah, que era "Inspector de los Profetas de la pirámide de Pepi I" durante el Imperio Medio.

En 1993, la misión francesa encontró fragmentos de un texto restaurado por Khaemwaset (hijo de Ramsés II) en el lado Sur de la pirámide de Pepi, que demuestra que el complejo sufrió algunas obras de restauración durante el Imperio Nuevo después de haber sido abandonado.

Cuando la misión francesa comenzó a buscar una pirámide de la reina, hizo su descubrimiento más espectacular hasta ahora: no solo encontraron una, sino seis pequeñas pirámides enterradas bajo la arena en el lado Sur del monumento de Pepi, tres pirámides era la mayor cantidad encontrada en los complejos anteriores. Utilizando modernos equipos de resonancia electromagnética, los arqueólogos ubicaron primero tres pirámides de la reina en 1988, cada una con sus propias estructuras asociadas. Cuando fueron limpiadas, se les asignó los nombres de "Reina del Oeste", "Reina del Este" y "Reina del Centro". La pirámide de Este, con su pequeño templo funerario pertenecía a una consorte llamada Nebwenet, y se encontraron en la cámara funeraria fragmentos de un sarcófago de granito rosa y algunos elementos de ajuar funerario. El complejo de la pirámide central, un poco más grande que el de Nebwenet, probablemente pertenecía a otra consorte de Pepi, que se llamaba Inenek-Inty. Su templo funerario está inusualmente colocado alrededor de tres lados de la pirámide. El propietario de la pirámide del Oeste sólo tiene el título de "Hija mayor del Rey", así que no se sabe si era en realidad una consorte real, aunque se presume que sí. También se encontraron en su cámara funeraria fragmentos de un sarcófago sin inscripciones y algunos elementos del ajuar funerario.

La cuarta pirámide, atribuida a una "Hija del Rey y esposa del Rey Meritites", fue encontrada al sur de la pirámide de la reina central. Poco más se conoce en la actualidad de esta estructura. Recientemente han sido descubiertas dos pirámides más pequeñas en las cercanías de las anteriores. Se presume que pertenecían a dos de las esposas de Pepi, Ankhesen-Pepi III y Ankhesen-Pepi II. Sabemos por un texto contemporáneo biográfico de Weni, que Pepi I se casó con dos hermanas, ambas con el nombre de Ankhesen-meryre, cuyo padre y su hermano eran funcionarios influyentes en Abidos. Los egiptólogos asumen que el nombre Ankhesen-Pepi II se corresponde con el nombre Ankhesen meryre-II, pero que aún no está clara la identidad de la tercera mujer con ese nombre. Weni menciona una conspiración fracasada contra Pepi que resultó en una demanda en contra de una reina sin nombre. Al parecer, las reinas eran muy competitivas entre sí en sus objetivos de promover la sucesión de sus propios hijos al trono. Se encontró en la cámara funeraria de la pirámide de la reina más reciente, la de Ankhesen-Pepi II, un sarcófago de basalto con los nombres y títulos de la Reina. También contiene Textos de las Pirámides, a diferencia de las otras pirámides satélites. Esta reina, obviamente, tenía una posición muy privilegiada y se presume que fue la madre y regente de Pepi II, quien sólo tenía seis años cuando subió al trono. La zona está aún en fase de excavación y recientemente se ha encontrado un fragmento que contiene el nombre de otra reina desconocida, Nedjeftet. Los misterios de las reinas de Pepi I no están todavía resueltos, tal vez haya más pirámides subsidiarias bajo la arena.

La calzada de Pepi I solo ha sido excavada en sus primeros metros, en el área inmediatamente por delante de su templo funerario. Su templo del valle y la ciudad de la pirámide todavía no se han encontrado.