Dos pirámides fueron construidas en el sur de Saqqara por los faraones del Imperio Medio. La primera de estas estructuras es de Khendjer, un Rey poco conocido de la Dinastía XIII, cuyo nombre (que significa "Jabalí") es probablemente de origen asiático. La pirámide de Khendjer se encuentra en el punto más meridional del sur de Saqqara, al sureste de la "Mastaba Faraun".

Cuando la pirámide fue descubierta en 1929 por Gustave Jequier, se encontró con que su núcleo estaba construido de adobes, que sin duda contribuyó a su actual estado ruinoso. Hoy en día los restos de la pirámide destacan sólo un metro por encima de la arena. El núcleo estaba cubierto originalmente con un recubrimiento exterior de bloques de piedra caliza que fueron retirados por los ladrones de piedra en la antigüedad. La entrada a la pirámide se encontraba en una posición inusual, al pie del extremo sur de la pared del Oeste. El pasaje de entrada, que originalmente estaba bajo el pavimento, desciende en forma de una rampa con una escalera en su centro (similar a las posteriores escaleras con rampa de las tumbas reales de Tebas) y cambia de nivel cuatro veces, girando alrededor de las cámaras subterráneas de la pirámide. Las losas del rastrillo, destinado a bloquear los corredores, nunca se pusieron en marcha. Al final del pasillo se encuentra la cámara funeraria, que está formada a partir de un único bloque de cuarcita en el que se colocaba el sarcófago y luego los bloques del techo se redujeron en la parte superior de la cámara. La presión de la superestructura está soportada por un techo arqueado de piedra caliza y otro techo abovedado de ladrillo.

El templo funerario se encontraba en el lado Este de la pirámide, pero ahora está completamente destruido. Sólo se han encontrado en los escombros unos pocos fragmentos de relieves y columnas. Jequier también descubrió trozos de un piramidion de granito negro cubierto de jeroglíficos, que ha sido restaurado. El nombre inscrito en el piramidion era el de un Rey llamado Userkare, que pudo haber sido el nombre de trono de Khendjer.

El complejo de Khendjer estaba cerrado por un doble muro perimetral. El muro interior fue construido con bloques de piedra caliza y decorado con nichos y paneles. Se cree que pudo ser un sustituto de la anterior pared "ondulada" de adobe.

En la cara Norte de la pirámide había una capilla de ofrendas que estaba construida sobre una plataforma elevada a la que se llegaba por dos escaleras. Fue construida una falsa puerta de cuarcita amarilla en una posición inusual en la pared Norte de esta estructura. Un muro de cerramiento exterior, construido con adobe, rodeaba todo el conjunto y dentro de éste, en la esquina noreste de la pirámide, se encontró una pirámide satélite que se cree que estaba preparada para el entierro de dos de las reinas de Khendjer. Jequier también encontró tumbas pozo cercanas, que pudieron haber pertenecido a los miembros de la familia.