A la pirámide del extremo sur del sitio se la conoce como la pirámide escalonada y se ha atribuido al Rey Khaba de la Dinastía III, probablemente sucesor de Sekhemkhet. La pirámide fue investigada por el arqueólogo italiano Alessandro Barsanti en 1900, pero el propietario de la estructura siguió siendo desconocido hasta que la expedición americana de Reisner excavó la pirámide, y algunas de las tumbas y mastaba en la zona, durante la primera parte del siglo XX. Aquí se encontraron fragmentos con el nombre de Khaba así como algunas piezas de cerámica que llevan el nombre de Narmer, lo que llevó a sugerir la datación de la estructura en la Dinastía II.

La pirámide sur de Zawyet el-Aryan es conocida localmente como "Haram el-Meduwara" o la "pirámide redonda", debido a su estado ruinoso y de pequeño tamaño. La base de la pirámide tenía unos 84 metros cuadrados y la subestructura es muy similar a la de Sekhemkhet, la pirámide incompleta de Saqqara. La pirámide de Khaba fue concebida como una pirámide escalonada con un núcleo construido con capas inclinadas de mampostería. Sólo perdura la parte inferior del primer escalón de los que la estructura pudo tener cinco, seis o siete. La altura actual es de sólo 16 m. No hay rastro de que la pirámide estuviera cubierta con piedra caliza, lo que apoya la idea de que la pirámide nunca fue terminada. .

Se entra a las cámaras subterráneas cerca de la esquina noreste, donde una escalera continúa en dirección hacia el oeste formando un pasaje que luego gira hacia el sur al llegar al comienzo del pozo vertical. Descendiendo por el pozo, hay un corredor sin terminar a poca profundidad que se dirige hacia el sur. Más abajo, el corredor inferior lleva a la otra escalera y a una cámara funeraria vacía. A esta altura, se abre un corredor, hacia el lado norte del pozo vertical, donde hay treinta y dos almacenes que también resultaron estar vacíos.

La zona nunca ha sido investigada a fondo y ahora es inaccesible porque está dentro de una zona militar. El equipo estadounidense de Reisner excavó una gran mastaba al norte de la pirámide escalonada, identificada como Mastaba Z-500 y fue aquí donde se encontraron vasos de alabastro con el nombre de Horus de Khaba. Por estos artefactos y por la estilística empleada en la datación de la pirámide muchos egiptólogos atribuyen el monumento a Khaba, aunque no existe seguridad sobre quién fue su propietario.