Gisr el-Mudir es una estructura enigmática casi el doble del tamaño del recinto de la pirámide escalonada, con enormes muros de piedra. El recinto se cree que es más antiguo que el complejo de Djoser, que se dice que es el más antiguo monumento de piedra en Egipto. Esta estructura y trazas de otros similares se observaron por primera vez en la década de 1920 con la aparición de la fotografía aérea, pero eran demasiado difíciles de excavar. Sólo en los últimos años, con el uso de las nuevas tecnologías, los egiptólogos han podido investigar adecuadamente estos recintos. En 1990 el Museo Nacional de Escocia, bajo la dirección de Ian Mathieson, obtuvo una concesión para estudiar y excavar las estructuras del desierto de Saqqara y con el uso de equipos de prospección modernos han sido capaces de producir mapas geofísicos y topográficos que se utiliza para ejecutar la dirección de la excavación de forma más detallada.

El recinto de Gisr el-Mudir mide aproximadamente 650 por 350 metros y sus paredes tienen 15m de ancho en su base. Las paredes se han excavado hasta una altura de 15 metros, pero su anchura sugiere que originalmente eran mucho más altas. Los quince metros son de mampostería viva de bloques de piedra caliza con relleno de escombros y piedra sólida cortada en bruto en las esquinas. El muro parece haber sido completamente terminado aunque no hay rastro de ninguna estructura en su interior, lo que descarta la posibilidad de que la estructura sea una pirámide y su propósito es aún desconocido.

La cerámica recuperada de entre los escombros de relleno de los muros de cerramiento datan la estructura en la Dinastía II, anterior al complejo de Djoser por varios años. Este y otros recintos de la zona tienen una notable semejanza con las estructuras funerarias de adobe encontradas en el desierto en Abidos, en especial la más grande, Shunet el-Zebib, que ha sido identificada como perteneciente al Rey Jasejemuy de la Dinastía II. La piedra caliza estaba disponible más fácilmente para la construcción en Saqqara que en Abidos, y es muy posible que los monumentos de Abidos fueran un reflejo de los experimentados anteriormente en Saqqara durante este período. Se han encontrado varias tumbas de la Dinastía I y II en Saqqara que usaron losas de piedra caliza de revestimiento, lo que hace pensar que la extracción y uso de la piedra se desarrolló en este ámbito. Antes de que Gisr el-Mudir fuera excavado con detalle, se suponía que había pertenecido a un Rey de la Dinastía III, uno de los sucesores de Djoser, pero ahora se cree que la estructura debe de ser datada en la Dinastía II. Recientes hallazgos en la tumba de Jasejemuy de Abidos han fortalecido la creencia de que el Rey fue el predecesor inmediato de Djoser, una impresión de sello en la puerta de la tumba sugiere que Djoser enterró a Jasejemuy. Por ello no es razonable sugerir que Jasejemuy fuera el constructor de Gisr el-Mudir que, a continuación, Djoser copió y desarrolló en el complejo de su pirámide escalonada. Si este es el caso, entonces Jasejemuy y no Djoser debe de ser anunciado como el constructor del primer monumento de piedra de Egipto.