Saqqara fue la necrópolis principal de la antigua ciudad de Menfis, donde, a partir de la Dinastía I la elite egipcia construyó sus tumbas. La zona es hoy más conocida como el sitio de la primera pirámide de piedra, construida por un Rey de la Dinastía III cuyo nombre de Horus era Netjerikhet. La pirámide se ha atribuido al Rey Djoser desde el Imperio Nuevo, pero sólo se ha encontrado en el monumento el nombre de Netjerikhet.

La estructura de la pirámide está formada por una serie de seis mastabas escalonadas rodeadas por un complejo de edificios ficticios encerrados por un muro de piedra caliza, en forma de nichos, de más de 10m de altura. Delante del muro había una zanja rectangular de 750m por 40m, que aunque ahora está llena de arena puede verse claramente en las fotografías aéreas. Los altos muros de piedra caliza del recinto estaban decorados con nichos y falsas puertas talladas en el muro. Algunos arqueólogos creen que el muro podría haber representado la residencia terrenal del Rey y por ello se utiliza el término de "fachada de palacio" para este tipo de decoración. Se piensa que el diseño imita a la estructura de madera cubierta por esteras de cañas entretejidas que se había utilizado en las estructuras anteriores, aunque también se ha sugerido que el motivo puede tener su origen en Mesopotamia. El muro ha sido reconstruido en su lado Sur, cerca de la entrada y este es el mejor sitio para ver su construcción.

La única entrada al recinto es la puerta del extremo Sur del lado Este del muro (la única de las 15 puertas que no es una falsa puerta) y conduce a la columnata de entrada. Un corredor con 20 pares de columnas adosadas, imitando haces de juncos o líneas de palmeras. Entre las columnas hay 24 pequeñas cámaras, que pudieron representar a los nomos del Alto y Bajo Egipto, y que alguna vez pudieron contener estatuas del Rey o de las deidades. El techo de la columnata de entrada se construyó representando troncos de árboles. Este es uno de los lugares donde se evidencia la difícil tarea de imitar materiales naturales con piedra. El constructor no confió en que las columnas pudieran soportar el peso del techo sin estar pegadas a las paredes laterales. El pequeño tamaño de los bloques de piedra utilizados en su construcción refleja el hecho de que las columnas anteriores se habían construido con adobes. Al final de la sala de entrada hay dos falsas puertas de piedra en las paredes laterales de un vestíbulo transversal que ha sido reconstruido. Se encontraron varios fragmentos de estatuas en la columnata de entrada pero la más importante era una base de estatua (ahora en el Museo de El Cairo), inscrita con el nombre de Horus y el titulo de Netjerikhet y también con el nombre de un sumo sacerdote de Heliópolis y arquitecto real, Imhotep.

A Imhotep, que pudo haber sido hijo de Djoser, se le atribuye la invención de la construcción en piedra tallada y el diseño y construcción del complejo de la pirámide escalonada. Fue deificado como dios de la sabiduría en el Periodo Ptolemaico y adorado por los griegos como Esculapio, dios de la medicina. El nombre de Netjerikhet está directamente vinculado a su antecesor Khasekhemy porque en 1996 se encontraron sellos con su nombre en los bloques de barro de la tumba de Khasekhemy en Abidos.

Inmediatamente al Norte de la columnata de entrada, en el lado oriental de un gran patio abierto, hay una serie de edificios reconstruidos que se cree que estaban vinculados con el heb-sed del Rey o festival del jubileo. Un edificio de planta rectangular conocido como Templo T, se supone que era una maqueta del palacio del Rey. Contiene una columnata de entrada, antecámara y tres patios interiores que conducen a una cámara cuadrada decorada con un friso de símbolos "djed". Esta estructura está en el extremo Sur del "Patio del Jubileo", que está lleno de maquetas de edificios que representan el Alto Egipto (en el lado Este) y el Bajo Egipto (en el lado Oeste). Estos edificios son estructuras puramente simbólicas. Originalmente había 12 capillas en el Este, con techos curvados abovedados que representan la forma de los Santuarios del Bajo Egipto, y cada una de ellas tiene un nicho de estatua que podría haber contenido estatuas del Rey. Las 13 capillas del Oeste están inspiradas en la forma de los Santuarios del Alto Egipto, con tres medias columnas estriadas y puertas de entrada simuladas coronadas con un techo en bóveda de arco. Las dos capillas del Sur tenían una escalera que conducía a un nicho de la estatua, mientras que los edificios del Oeste tenían fachadas más simples y habitaciones a modo de vestuarios y otros edificios relacionados con el festival sed. Una maqueta de valla, imitando una empalizada de madera, separa los Santuarios. Todas las estructuras representan, en piedra, los anteriores materiales de construcción a base de madera y esteras de caña trenzada. Se cree que las columnas estaban pintadas de rojo para simular a la madera. En el extremo Sur del Patio del Jubileo hay una gran tarima elevada que se ha relacionado con los tronos del Alto y Bajo Egipto, donde el Rey pudo haber sido coronado simbólicamente durante la ceremonia.

Al Norte del Patio del Jubileo hay dos misteriosos edificios llamados comúnmente la "Casa del Norte" y la "Casa del Sur". Se cree que estas estructuras estaban originariamente enterradas parcialmente, lo que les da un significado funerario. Cada una de ellas tiene su propio patio. Actualmente se cree que representan las capillas arcaicas de Nekhbet (de Hieracómpolis, en el Sur) y de Wadjet (de Buto en el Norte), aunque ha habido muchas otras teorías que sugieren otro significado. De nuevo, los dos edificios están construidos con piedra imitando a los materiales orgánicos. En la Casa del Sur hay un friso continuo "khekher" sobre la entrada y las paredes interiores contienen muchos graffitis del Imperio Nuevo, escritos en tinta por los antiguos visitantes, nombrando a Djoser como el propietario del complejo. La casa del Norte contiene un pozo de 20 m de profundidad, con una galería subterránea que, al principio de su investigación, llevó a Lepsius a creer que los dos edificios eran pirámides.

El Templo funerario de Djoser se encuentra en la pared Norte de la pirámide, a diferencia de las pirámides más tardías que por lo general tenían los templos funerarios en el Este. El templo era el centro de culto al Rey. Actualmente está muy deteriorado y sólo se conserva la pared de entrada. Es difícil de ver la planta del templo, que parece diferir considerablemente de otros templos funerarios de pirámide. Todavía se puede ver en el suelo del templo funerario el pozo original de entrada a la pirámide de donde emerge un corredor a través de la estructura por debajo del suelo. En las excavaciones del templo, se han encontrado sellos en la arcilla con el nombre del Rey Sanakht. Inicialmente se pensó que fue predecesor de Djoser, y actualmente hay evidencias de que reinó después de la época de Djoser.

En la esquina noreste de la pirámide hay un patio que contiene una pequeña estructura conocida como "serdab". Dentro de esta pequeña cámara sellada, que está inclinada hacia arriba en un ángulo de 30 grados, hay una estatua pintada de tamaño natural del Rey sentado en su trono, mirando a través de una mirilla hacia las estrellas del Norte y la tierra de Osiris. Hoy en día la estatua original se encuentra en el Museo de El Cairo, y se ha puesto una réplica dentro del serdab que desconcierta al visitante que mira desde el exterior al ver la estatua de Djoser mirando fijamente hacia él. Representa el "ka" del Rey saliendo de su cámara funeraria en la pirámide.

La pirámide escalonada fue construida en varias etapas: comenzando por una mastaba cuadrada inicial, su planta fue cambiada varias veces durante la construcción. En la actualidad, los investigadores dudan de esta teoría y sugieren que la estructura total se planificó como una pirámide, desde el principio. Las primeras mastabas eran rectangulares. Las recientes excavaciones en Abidos han demostrado que los recintos anteriores eran construidos como un montón de arena recubierto de adobes (posiblemente simbolizando el "montículo primigenio"). Al parecer, según un estudio reciente, la pirámide escalonada fue construida primero como una mastaba cuadrada, que fue alargada y expandida en seis etapas, llegando a ser una mastaba de 4 escalones y luego una estructura de 6 escalones que ya no era cuadrada, pero se acabó convirtiendo en un rectángulo orientado de Este a Oeste. Los bloques de piedra caliza se pusieron en hileras inclinados hacia el centro de la pirámide.

Por debajo del suelo de la pirámide escalonada hay un laberinto de más de 5,5 kilómetros de pozos, túneles y cámaras. Un gran pozo central desciende hasta la cámara funeraria a una profundidad de 28m, mientras que en la superficie, la pirámide de seis escalones tiene una altura de 60m. Dentro de la cámara funeraria, bloques de granito rosa pudieron haber sustituido a los bloques originales de piedra caliza o "de alabastro"; una teoría basada en el descubrimiento de Lauer de numerosos fragmentos de piedra caliza en las cercanías. Se encontraron, reutilizados con su decoración oculta, algunos bloques de piedra caliza tallados con estrellas, por lo que se piensa que la cámara funeraria de Djoser puede haber tenido la primera decoración de un techo estrellado. Poco se ha encontrado dentro de la cripta de granito, sólo unos pocos fragmentos de hueso envuelto en lino al estilo del Imperio Antiguo, incluyendo un pie izquierdo y parte de un brazo. Están siendo datados con radio carbono para comprobar si se trata de un enterramiento posterior al reinado de Djoser. En un pasaje al noroeste de la cámara funeraria se encontró una caja de madera inscrita con el nombre de Netjerikhet.

Hay muchas galerías y almacenes alrededor de la cripta central. En una de las galerías del lado Este, fueron talladas en piedra caliza tres falsas puertas y las paredes estaban decoradas con exquisitos, pequeños azulejos de fayenza azul espaciados por filas, y motivos de piedra caliza, asemejando las paredes de estera de caña trenzada natural. Una reconstrucción de uno de los paneles se muestra ahora en el Museo de El Cairo. Los relieves del Rey llevando la corona roja y la corona blanca, corriendo o caminando, probablemente representan los rituales de heb-sed. También se encontraron otras paredes decoradas con azulejos azules, aunque algunas de las cámaras se quedaron sin terminar. Se piensa que la decoración de estas cámaras se inspiró en los apartamentos privados del Rey en su palacio en Menfis.

Otra serie de galerías se extienden hacia el Oeste partiendo de 11 pozos que se encuentran en el lado Este de la pirámide. Una de las galerías contenía un sarcófago de alabastro vacío, así como un ataúd de madera perteneciente a un niño pequeño y se encontró el nombre de Netjerikhet en la impresión de un sello en uno de los pozos. En otros pozos, se han encontrado grandes cantidades de vasijas de piedra (alrededor de cuarenta mil en total) en una amplia variedad de formas y materiales y muchas con inscripciones de los antepasados de Djoser. No se explica el motivo por el que estas "reliquias" se encontraran en la tumba de Djoser y sigue siendo tema de debate entre los arqueólogos.

El patio está limitado en el lado Sur por el muro del recinto. En la esquina suroeste se encuentra un enigmático edificio conocido como la "Tumba Sur", que parece ser una réplica en miniatura de las cámaras subterráneas de la pirámide escalonada. La Tumba Sur contiene decoración similar a la pirámide, incluyendo los azulejos de fayenza azul y las falsas puertas, pero mejor conservada que la de las galerías de la pirámide. Su propósito no está claro, la cámara funeraria es demasiado pequeña como para contener un sarcófago. Muchas teorías han sido formuladas por los arqueólogos en cuanto a su uso, pero la "tumba" tal vez permanezca siendo un misterio.

Al Sur de la pirámide hay una galería que conduce a la cámara del pozo central, que fue abierta por los ladrones durante el Período Tardío. Se reutilizó para enterramientos tardíos y ahora es la única entrada segura a la pirámide.

El complejo de Djoser fue investigada por primera vez por la expedición de Napoleón, pero el túnel de entrada y las galerías subterráneas no fueron hallados hasta la primera parte del siglo XIX. Muchos arqueólogos han excavado en la pirámide escalonada desde entonces, sobre todo Cecil Firth y Jean-Philippe Lauer, quien comenzó una investigación sistemática en la década de 1920 que duró todo el siglo XX. Para Jean-Philippe Lauer, que murió en 2001 a la edad de 96 años, Saqqara se convirtió en un compromiso de por vida y regresó año tras año con la Misión Arqueológica Francesa a excavar y estudiar el complejo. Es sobre todo al señor Lauer que el mundo egiptológico debe su conocimiento de la historia y la arquitectura del sitio.

En frente de la cara Sur de la pirámide escalonada hay un gran patio abierto que mide 180m por 100m. En el centro del patio hay dos curiosas construcciones cuyas paredes tienen la forma de la letra "B", y se cree que estaban asociadas con las ceremonias de heb-sed. También se ha encontrado aquí un bloque de piedra caliza con un texto del príncipe Khaemwaset (hijo de Ramsés II), que se sabe que restauró muchos monumentos del Imperio Antiguo en su papel de sumo sacerdote de Menfis.