A unos 2 km al Este de la Pirámide Romboidal de Dahshur está la llamada "Pirámide Negra", monumento que Amenemhet III construyó con un núcleo oscuro de adobe sin cocer, y sin el marco de piedra de estabilización que tienen otras estructuras de este tipo. Su extraña forma se debe principalmente a los efectos de la intemperie después de que su capa exterior de piedra caliza fuera retirada por los ladrones. Amenemhet III Nimaatre, hijo y sucesor de Sesostris III (que también había construido una pirámide en Dahshur), fue uno de los últimos gobernantes de la Dinastía XII.

La Pirámide Negra fue visitada por Perring y Lepsius a mediados de la década de 1800 y los primeros en investigarla fueron Jacques de Morgan y Georges Legrain en 1894-5. Fue durante una inspección al sitio de Dahshur, de la Organización de Antigüedades Egipcias en 1900, cuando se encontró un hermoso piramidion de basalto negro en el lado oriental de la estructura, decorado con inscripciones jeroglíficas en cada lado (actualmente en el Museo de El Cairo). No se sabe si el piramidion ocupó alguna vez su lugar en la parte superior de la pirámide, aunque parece poco probable debido a su buen estado de conservación. El pequeño monumento plantea importantes cuestiones, porque el nombre del dios Amón ha sido borrado de las inscripciones, probablemente durante el reinado de Akhenaton. La Pirámide Negra se ha vuelto a investigar en los tiempos modernos por el Instituto Arqueológico Alemán de El Cairo, dirigido por Arnold Deiter desde 1976.

La subestructura de la pirámide tiene un complejo plano que difiere de otras estructuras de la Dinastía XII, con dos entradas conectadas por corredores. La primera entrada, en la esquina Sureste, tiene una escalera descendente que conduce a un laberinto de pasajes, cámaras y cámaras laterales a diversos niveles en el lado Este de la pirámide. La cámara funeraria real fue orientada de Este a Oeste, con un techo abovedado y como la mayoría de las cámaras subterráneas fue revestida de piedra caliza blanca y fina. Se encontró en el lado occidental de la cámara funeraria un gran sarcófago vacío de granito rosa.

La segunda entrada, en el lado occidental de la pirámide, simétrica de la primera, conduce a los apartamentos de enterramiento de dos de las reinas de Amenemhet. La primera cámara, accesible desde el pasillo descendente pertenece a la reina Aat y aunque no tenemos un nombre para la propietaria de la segunda cámara. En la cámara de Aat se encontró un sarcófago, de forma similar en la decoración al del Rey, junto con vasos canopos y varios elementos de ajuar funerario que había sido dejados atrás por los ladrones. También se encontró un sarcófago en la segunda cámara de la reina.

Otra serie de corredores conecta los apartamentos del Rey y de las reinas a través de un pasillo subterráneo que se extiende por fuera del límite de la parte sur de la pirámide. Se ha sugerido que puede representar una "tumba sur" similar a la tumba ficticia construida por Djoser en Saqqara.

La pirámide está rodeada por dos muros perimetrales, construidos de adobe y yeso. El muro interior estaba decorado con nichos en su cara externa y atravesado por el templo funerario al Este, que ahora está casi totalmente destruido. La parte interior del templo funerario consiste en una larga sala de ofrendas que llega hasta el primer muro perimetral y en la parte exterior había un gran patio con un pórtico sostenido por 18 columnas papiriformes.

Pudo haber existido una pequeña capilla a la "entrada" de la pirámide en la pared Norte, aunque ya no queda nada. Al Norte, entre los muros perimetrales interiores y exteriores, Morgan descubrió una hilera de diez tumbas pozo que posiblemente pertenecen a los miembros de la familia de Amenemhet. La tumba del extremo oriental, fue usurpada por un Rey poco conocido de la Dinastía XIII, Hor-Awibre, cuya momia se encontró en la tumba en un ataúd de madera. El ajuar funerario incluye una estatua de madera del ka, que es uno de los tesoros del Museo de El Cairo. Un vaso canopo que llevaba el sello de Nimaatre (Amenemhet III) ha desconcertado a los egiptólogos, que ahora sugieren que este nombre puede referirse a Khendjer, uno de los sucesores de Hor-Awibre. La tumba de al lado pertenecía a la princesa Nubhotepti-khered.

Una ancha calzada descubierta de adobe conduce, al Este, desde el Templo Funerario hasta un Templo del Valle muy dañado, que consistía en dos patios abiertos construidos sobre terrazas. El primer templo del valle de la Dinastía XII que se está parcialmente descubierto. Se ha encontrado en el templo del valle de Amenemhet una maqueta de piedra caliza de las cámaras subterráneas de una pirámide desconocida de la Dinastía XIII, así como el nombre de Amenemhet IV. En el lado norte de la calzada se encuentran los restos de edificios de viviendas para el personal del templo. A pesar de que Amenemhet III no fue enterrado en su pirámide de Dahshur, debe haber habido un lugar de culto funerario para sus reinas. Se encontraron fragmentos de una falsa puerta de la reina Aat en estos edificios.

Amenemhet III parece que tenía su pirámide de Dahshur casi completa cuando abandonó su construcción, alrededor del año 15 de su reinado, para comenzar un nuevo monumento en Hawara, donde fue enterrado. Al parecer, la construcción de la pirámide de Dahshur se había vuelto demasiado inestable con tensiones estructurales localizadas en las cámaras subterráneas. Esto fue probablemente debido en parte a su ubicación en un terreno inestable, demasiado cerca del fondo del valle del Nilo, un error similar al previamente realizado por Snefru cuando construyó su Pirámide Romboidal.