En la esquina sureste del recinto de Medinet Habu, está el pequeño templo que es una mezcla de construcción temprana y tardía. Este templo ya estaba presente cuando Ramsés III comenzó a construir el sitio en la Dinastía XX. Fue iniciado por Hatshepsut a mediados de la Dinastía XVIII y ampliado por su sucesor Tutmosis III.

Al pequeño templo se puede acceder desde el patio romano, que sobresale de la parte oriental de la puerta principal de entrada, o desde el sur del templo principal. Bajo los cimientos del templo de Hatshepsut, los arqueólogos han encontrado restos de una construcción aún más antigua que se remonta a principios de la Dinastía XVIII y al Imperio Medio, y los ritos que se realizaban aquí eran probablemente muy antiguos, por lo que no es de extrañar que sobreviviera mucho tiempo después de que desapareciera el culto funerario a Ramsés III. Los textos sugieren que Amón era adorado en asociación con el grupo de los ocho dioses primigenios de la creación conocidos como la Ogdóada, así como en su forma anterior de Kematef (una deidad serpiente creadora), también conocida como "El Ba de Osiris", que decía que la Ogdóada fue enterrada en el Montículo de Djeme.

La parte más antigua del pequeño templo se centra alrededor de los tres Santuarios en la parte trasera de la estructura, dedicados a Amón, Mut y Khonsu. Este templo de culto se utilizaba semanalmente (una semana tenía 10 días) para los festivales de regeneración de Amón. El Santuario de Hatshepsut fue llamado "Santísimo de los lugares". Las restauraciones de Pinudjem I y Evergetes y las alteraciones de Ptolomeo X y otros gobernantes hasta el emperador Antonino Pio, indican la importancia de la prolongada actividad del templo, mucho después de que el templo de Ramsés III hubiera caído en desuso, probablemente al final de su Dinastía.