Un importante sitio arqueológico se encuentra en el extremo sur de la necrópolis tebana, cerca de un kilómetro al sur del templo de Medinet Habu. Este fue el sitio de la ciudad y del palacio de Amenhotep III, de la Dinastía XVIII, descubierto en 1888. El complejo incluye un gran número de edificios, patios y plazas de armas, viviendas para los habitantes y un gran templo de Amón, así como los palacios reales que se encadenan a lo largo de un kilómetro de distancia. La carretera de Armant divide el sitio, con el área del palacio y el templo en el lado este y la ciudad en el oeste.

Una calzada, al oeste del complejo, conectaba el palacio de Amenhotep con su templo funerario (detrás de los Colosos de Memnon) recorriendo desde el sur de Malqata hasta el sitio de una gran plataforma utilizada para las celebraciones del jubileo que ahora se llama Kom el-Samak. En el extremo norte del sitio, al este de la carretera moderna, estaba el Templo de Amón. Amenhotep III eligió aquí el sitio de su palacio. Los trabajos comenzaron en torno al año 11 de su reinado y se completaron para la ocasión de su primer festival Heb-Sed, o jubileo en el año 30. No se sabe si el rey vivió aquí permanentemente o sólo durante la época de los festivales. El primer palacio fue destruido y se construyó una nueva estructura más grande con motivo del segundo jubileo en el año 33.

El área principal incluye los apartamentos del rey, que comprendía una serie de salas y patios en torno a una sala central de banquetes columnada y cubriendo un área de alrededor de 50 por 25m. Tenía un gran salón del trono con una tarima y varios cuartos pequeños que probablemente eran salas de audiencia más pequeñas, salas de espera, oficinas y almacenes. La zona situada al este del palacio del rey, alojaba el harén y las cocinas. Otras tres estructuras conocidas como el Palacio del Norte, el Palacio medio y el Palacio del Sur, rodean los apartamentos del rey y era el lugar donde la Gran Esposa Real Tiye, la hija mayor del Rey Sitamón y otros miembros de la familia o esposas menores tuvieron aquí sus estancias. Se cree que el Palacio del Sur pudo haber pertenecido a la reina Tiy.

Se hizo un uso muy limitado de piedra en Malqata. Estaba reservada para las bases de columnas, dinteles de las puertas y el suelo, con las principales estructuras construidas de adobe, con el sello del rey. Las columnas y las vigas de los techos eran de madera, al igual que ocurría en la arquitectura doméstica. Las paredes, suelos y techos estaban estucadas y pintadas de blanco en las paredes exteriores y de colores vivos en las interiores. La decoración interior es similar a la de los palacios de Akhenaton en Amarna, construidos posteriormente, con brillantes diseños geométricos y frescos de aves y animales. El techo del vestidor de Amenhotep estaba decorado con diseños en espiral y cabezas de toros estilizadas en tonos rojos, azules y amarillos, mientras que su habitación tenía el techo decorado con buitres volando y amuletos. El suelo de la sala columnada de banquetes estaba enlucido y pintado para representar el Nilo con peces y aves como motivos naturalistas. Han sido recuperados muchos fragmentos de yeso pintado de las ruinas de Malqata, algunos de ellos permanecían todavía en la parte inferior de los restos de paredes, facilitando la reconstrucción sobre el papel de los coloridos diseños del interior del palacio.

También había una gran área administrativa, al oeste del palacio del rey, conocida como el "Pueblo del Oeste", donde tendría su acomodo el visir y los altos funcionarios. Más allá está el pueblo o zona residencial donde tenían sus viviendas otros funcionarios, administradores y las familias de los hombres que servían en los palacios. Los artesanos que participaron en la construcción del palacio y de sus muebles, vivían en su propia aldea al sur del pueblo.

Adyacente al sur del sitio del palacio y de la ciudad, Amenhotep construyó un gran lago artificial llamado Birket Habu. El área todavía está bordeada por las tierras removidas por la excavación original, una serie de colinas artificiales adjuntas a la orilla sur del lago y se encontró allí una gran cantidad de cerámica que data del Imperio Nuevo en adelante. Además había un gran canal artificial y un puerto que conecta Malqata con el Nilo.

Al sur de Birket Habu, en la zona conocida como Kom el-Samak fue descubierto un edificio que resultó ser una plataforma central con una superestructura y escaleras a ambos lados, donde se encontraron fragmentos de pinturas murales. Se amplió más tarde adjuntando otra escalera de 20 escalones, con pinturas en cada escalón. Los ladrillos encontrados en el edificio llevaban el cartucho de Amenhotep III y se cree que era un edificio ceremonial del rey.

Se han llevado a cabo en Malqata excavaciones periódicas desde su descubrimiento en 1888 por J. Daressy. Aunque gran parte del sitio fue excavado por el Museo Metropolitano de Arte a principios del siglo XX, fue reexcavado en la década de 1970 por David O'Connor y Barry Kemp, quienes aclararon la estratigrafía básica del sitio. La Misión Arqueológica Japonesa de la Universidad de Waseda comenzó a excavar en 1972 con el descubrimiento de la escalera pintada en Kom el-Samak en 1974. Se han realizado estudios sobre el terreno de la zona, que abarca desde el Paleolítico, predinástico, Imperio Nuevo y los Períodos de ocupación Romano-Bizantino. Desde 1985 Waseda ha vuelto a excavar el área del palacio, dejando al descubierto una serie de habitaciones, la sala de columnas y el dormitorio del Rey.