El templo es inusual. Fue dedicado a dos tríadas de dioses, cada una con sus propias cámaras y Santuarios asociadas. En el lado oriental del templo, el dios cocodrilo Sobek (Suchos / Seth), adorado con su esposa que es llamada en este lugar como Hathor y su hijo Khonsu. En el lado oeste, Haroeris o "Horus el Viejo" está acompañado por su esposa Hathor-ta-sent-nefert y su hijo Panebtawy (Señor de las Dos Tierras). Es probable que también hubiera dos sacerdocios separados para atender a las deidades.

El pilono principal de entrada ha sido destruido por la erosión del Nilo, pero entrando a través de un portal en el sureste, se llega a un gran patio con restos de un pórtico con columnas romanas que todavía tiene color en algunos lugares de las paredes. En el centro del patio se encuentra la base de un altar con basamento de granito a ambos lados que puede haber sido utilizado para la hacer libaciones rituales.

La parte principal del templo se inició probablemente por Ptolomeo VI Filometor, el suyo es el primer nombre registrado. La primera sala hipóstila, detrás de los típicos pilares ptolemaicos con muros de pantalla, tiene ornamentadas las columnas florales y escenas rituales bien conservadas en las paredes. Ptolomeo VIII Neos Dionysos, se muestra en el lado derecho haciendo ofrendas a cuatro bestias míticas. Fue Ptolomeo VII Auletes y Ptolomeo VIII quienes completaron la decoración de las salas hipóstilas. Otros Ptolomeos, y también los romanos, contribuyeron en diversas partes del templo.

En la segunda sala hipóstila hay una inscripción en griego que registra los detalles de las tropas estacionadas en la zona durante la época de Ptolomeo VII y la reina Cleopatra II.

Tres antecámaras casi destruidas, detrás de la segunda sala hipóstila, conducen a los Santuarios gemelos de Sobek y Haroeris, con sus cámaras de culto asociadas a cada lado. Entre los dos Santuarios hay una cámara oculta donde se cree que el sacerdote actuaba como Oráculo. Hay túneles subterráneos y criptas que conduce a esta y a otras cámaras. Los Santuarios se encuentran en muy malas condiciones, pero perduran los pedestales sobre los que reposaban las barcas sagradas de los dioses.

Un pasillo recorre todo el exterior del edificio del templo principal, como en otros templos de este período, con una escalera que conduce a la azotea. En el interior de la muralla en la parte trasera del templo hay un famoso relieve que representa lo que muchos investigadores han sugerido que son instrumentos quirúrgicos. Otras sugerencias son que son instrumentos veterinarios o utensilios rituales.

En el centro de la pared del fondo hay una inusual falsa puerta que muestra a Sobek y a Haroeris con sus cetros de culto. El signo de poder de Sobek es una varita con cabeza de león, mientras que Haroeris tiene un curioso cuchillo con piernas. En la puerta falsa hay un nicho del Oráculo con las "orejas de audiencia" y los "ojos sagrados", a través del cual los sacerdotes hacían los oráculos a la gente que esperaba fuera de la parte principal del templo. Por encima de ellos la diosa alada Maat, sostiene el cielo. A lo largo del templo los dos dioses comparten el poder cósmico en igualdad de condiciones, cada uno en su propio lado del eje central.

De vuelta, a la derecha del patio de la entrada del templo, hay una pequeña capilla de Hathor en la que se exhiben los restos de cocodrilos momificados y algunos féretros de barro de cocodrilos que fueron excavados de un cementerio de animales cercanos. Los cocodrilos, que eran sagrados para Sobek, se cree que eran criados en una pequeña piscina en la parte occidental del templo. Aquí también se puede verse restos de un profundo pozo con una escalera circular y de un nilómetro. Los restos de un mammisi están situados en la esquina noroeste del muro del patio y en la esquina noreste se encuentra un portal de Ptolomeo VII.