En la esquina suroeste del recinto de Amón se encuentra el Templo de Khonsu, hijo de Amón y Mut. Un pequeño templo bien conservado de finales del Imperio Nuevo, construido a finales del período ramesida. El templo da la sensación de que está construido en miniatura, con pilares achaparrados y techos bajos, lo que parece apropiado para Khonsu, el niño. Los relieves en las salas de la parte posterior del templo aún tienen algo de color, incluyendo una representación inusual de un dios itifálico con cabeza de león.