La entrada se encuentra en el lado oeste, donde estaba un muelle construido por Ramsés II para acceder a través de un canal desde el río Nilo. Aquí es donde llegaban los buques que transportaban las estatuas de los dioses durante los festivales, como el Opet, y desde donde la estatua de culto de Amón embarcaría en su recorrido por los templos de la Orilla Oeste, como Deir el-Bahari y Medinet Habu. Hay registrados muchos nombres de los reyes en el muelle recordando los niveles de las inundaciones durante sus reinados.

A la derecha, en frente del primer pilono, hay un pequeño Santuario de la barca construido por Hakor en la Dinastía XXIX, que fue utilizado como lugar de descanso durante el viaje de los dioses "procesión desde y hacia el río".

Una avenida de esfinges con cabeza de carnero conduce hacia el inmenso frontal del primer pilono, cada una con una estatua del rey Ramsés II entre sus patas (más tarde usurpada por Pinedjem en la Dinastía XXI). Las esfinges eran bestias fantásticas con cuerpo de león y cabeza de carnero, símbolo del dios Amón.

El primer pilono está inacabado y su altura, originalmente de 43 m, sigue siendo bastante impresionante. No hay certeza sobre quién lo construyó, pero se cree que pudo haber sido el rey Taharqa la Dinastía XXV, cuyas construcciones se encuentran en el patio. Alternativamente, pudo haber sido construido por Nectanebo I de la Dinastía XXX que construyó los muros del témenos que enlazan con el pilono y rodean el complejo del templo. Se pueden ver los restos de una rampa de adobe en la parte interior del pilono, el único ejemplo que tenemos, y que muestra cómo se construyó el pilono.

El patio está ahora encerrado por el pilono de entrada, pero originalmente estaba en las afueras del templo principal. En el centro se encuentran los restos del gran quiosco del faraón nubio Taharqa, del cual solamente queda completa una columna papiriforme. Vale la pena recordar que el Templo de Karnak fue construido mediante ampliaciones hacia el exterior a partir de un núcleo central, la parte más antigua está en el centro del eje principal, detrás del Santuario de Amón.

Al norte del patio y al lado del primer pilono, está el triple Santuario de la barca de Seti II, con tres cámaras construidas para contener las barcas de Mut, Amón y Khonsu, los dioses de la tríada de Tebas.

En el lado sur del patio está la entrada a un templo de Ramsés III, que no estaba satisfecho con la forma simple de las estaciones de la barca de sus antepasados y construyó un Santuario de la barca diseñado como una versión en pequeño de su templo funerario de Medinet Habu en la orilla oeste. Su primer patio está lleno de estatuas osiríacas de Ramsés y sus paredes muestran escenas de festival y textos. Al lado de éste está la "puerta Bubastita", construida por Sesonquis de la Dinastía XXII, el rey bíblico "Sisac".

El segundo pilono fue construido por Horemheb, pero no se terminó hasta el reinado de Seti I. El hijo de Seti, Ramsés II, instaló dos colosales estatuas de sí mismo delante de la puerta del pilono. Una tercera estatua de Ramsés II, sigue en pie sobre el terreno y tiene una pequeña estatua de su hija Bentanta entre sus pies. Esta estatua fue usurpada posteriormente por Ramsés VI, y después por el Sumo Sacerdote Pinedyem I. Dentro de los muros de este pilono se encontraron muchos de los bloques de piedra arenisca talatat del templo de Akhenatón que habían sido reutilizados como relleno en la construcción de las paredes.

Tras la entrada del segundo pilono está la famosa sala hipóstila. De pie entre sus 134 gigantescas columnas el visitante no puede dejar de estar impresionado por la grandeza del lugar. Las 12 columnas centrales son más grandes (21m de altura) y tienen capitales de papiro abiertos, que pueden haber tenido la intención de simbolizar el "montículo primigenio". Las otras 122 columnas son más pequeñas (15m) y tienen capitales cerrados, tal vez representando el pantano que rodeaba al montículo.

La sala hipóstila fue iniciada por Amenhotep III que construyó las paredes laterales que cierran el espacio entre el segundo y tercer pilono. No se terminó hasta el reinado de Seti I que talló hermosos relieves alrededor de las paredes de la mitad norte. Su hijo Ramsés II, realizó la decoración de la mitad sur de los muros y de los pilares, a menudo retalló los relieves de su padre con su propias tallas en huecorrelieve, incluyendo los rituales de fundación del templo. "Ramsés el Grande" no iba a ser olvidado.

Ambos Seti y Ramsés nos han dejado buenos ejemplos del ritual del templo y la relación de los faraones con los dioses. Las hazañas de las batallas están talladas en las paredes exteriores. Fue Ramsés quien añadió el techo de losas de piedra a la sala y podemos imaginar el ambiente oscuro y misterioso que tendría, iluminada sólo por las ventanas altas de la galería. Los pilares están muy próximos entre sí y es difícil obtener una visión general de la sala hipóstila. Cuando estaba en uso, los espacios entre las columnas estaban llenas de estatuas de dioses y reyes.

El tercer pilono fue construido por Amenhotep III y detrás de él, hacia el este, nos acercamos a la parte más antigua del templo, construido a principios de la Dinastía XVIII. También se han encontrado muchos bloques reutilizados dentro del tercer pilono, con ellos se han reconstruido los edificios originales en el museo al aire libre. Se mantiene uno de los dos obeliscos de Tutmosis en la zona comprendida entre el tercer y el cuarto pilono y también se pueden ver las bases de una pareja de obeliscos pertenecientes a Tutmosis III. El eje norte-sur del templo, converge en este patio.

Parece que cada nuevo faraón se veía obligado a construir grandes y mejores monumentos que sus antepasados. A medida que nos acercamos a la zona del Santuario, el Templo de Amón original, los pilonos se vuelven más pequeños y están más cerca el uno del otro. Los pilonos cuarto y quinto, construidos por Tutmosis, son mucho más pequeños que el tercero y el área entre ellos es la parte más antigua que existe del templo. Esta zona era al principio una sala columnada con columnas papiriformes, tal vez el prototipo de la sala hipóstila, y tuvo enormes estatuas osiríacas de Tutmosis I revistiendo sus paredes. Más tarde fue restaurada y completada por varios faraones, incluyendo su hija Hatshepsut, que erigió aquí dos obeliscos de granito rojo, uno de los cuales sigue estando allí, y el piramidion del otro se encuentra a su lado, cerca del lago sagrado. Los textos de obelisco de Hatshepsut dar importantes detalles de la construcción del monumento de una sola pieza de granito y dorado con oro fino. Está dedicado a su padre Amón en un intento de legitimar su derecho al trono.

No queda mucho del sexto pilono que fue construido por el sucesor de Hatshepsut, Tutmosis III, apenas unos textos, en sus paredes más bajas, con el detalle de los prisioneros capturados. La zona de delante del Santuario contiene dos hermosos pilares, a veces llamados pilares del norte y del sur, construidos por Tutmosis III. El pilar norte muestra el emblema del Bajo Egipto, el papiro, y el del sur el lirio (o Loto) del Alto Egipto.

El Santuario que nos ha llegado es un Santuario de la barca de granito construido por el griego Filipo Arrideo para sustituir a un Santuario anterior de Tutmosis III. Las salas que rodean al Santuario fueron construidas por Hatshepsut, que había construido un Santuario anterior aquí. Si caminamos alrededor del pasaje podemos ver un par de estatuas que representa a Amón y a Amonet, dedicadas por Tutankhamón, posiblemente con la cara del Rey niño.

El área abierta detrás del Santuario de granito es la parte más antigua del templo de Karnak, donde estaban los primeros Santuarios, a la derecha del corazón del Templo. En el Imperio Medio había aquí un Santuario de Sesostris I, pero fue sustraida toda la piedra de este área y todo lo que queda es una gran losa de alabastro que formaba parte del Santuario en él construido. El patio central está rodeado por varias cámaras semi en ruinas que contienen una gran cantidad de fragmentos de interesantes relieves.

Al final de un camino pavimentado a lo largo del lado sur del patio central, se llega a un edificio conocido como el Templo del Festival de Tutmosis III, antiguamente llamado "El más espléndidos de los monumentos", construido como un templo en memoria de Tutmosis para su culto ancestral. Los pilares de la sala imitan a los antiguos postes de las tiendas usadas como pabellón, único en la arquitectura egipcia, sigue teniendo una buena muestra de su decoración en colores. Una de las habitaciones al suroeste de la sala columnada, contenía una tabla con los nombres de 62 reyes, que ahora está en el Louvre de París. En el norte de la sala hay varias estatuas deterioradas en una zona que fue utilizada como iglesia en la época copta. Detrás de la sala de columnas hay un conjunto de salas dedicadas a Amón. La sala más grande del norte es conocida como el Jardín Zoológico o Jardín Botánico, debido a que contiene magníficos relieves representando delicadamente las plantas y animales que Tutmosis encontró en sus campañas de Siria. Un tramo de escaleras de madera lleva sobre la pared de detrás del templo del festival.

En el área que conduce hacia la puerta oriental de Karnak hay un pequeño "templo de la oreja que oye", construido por Ramsés II. Aquí los habitantes de la zona de Tebas traían sus peticiones a los dioses de Karnak, o más bien a los sacerdotes para que intercedieran. Esta era una tradición que se interpreta por los Santuarios en forma de nicho construidos contra la parte trasera del complejo de Tutmosis.

Detrás de las ruinas del muro del este hay restos de estructuras de templos más tardíos tales como una columnata construida por Taharqa. La puerta del Este debió de ser impresionante, pero ahora está en estado de ruina. Más allá de esta puerta y fuera de los muros del templo de Amón, se descubrieron los escasos restos del templo de Amenhotep IV (Akhenaton) en Karnak.

Hacia el noroeste, hay un espacio que alberga el museo al aire libre que contiene varios edificios y Santuarios reconstruidos con los bloques encontrados dentro de los pilonos segundo y tercero, o en el suelo del patio del séptimo pilono. El Santuario de la barca de piedra caliza de Sesostris I, es una estructura espaciosa construida como una "estación de paso" para el jubileo del Rey. En los preciosos relieves de los pilares cuadrados vemos al Rey haciendo ofrendas a Amón en su forma itifálica. Junto a esta, hay un brillante Santuario de alabastro blanco construido por Amenhotep II, una construcción mucho más simple, y también un Santuario similar construido por Tutmosis IV. También aquí se está reconstruyendo parte de un templo de Tutmosis IV con finos relieves. Una de las más aprecidas reconstrucciones es la "Capilla Roja" de Hatshepsut, que fue el Santuario original de Amón en el corazón de Karnak. Fue desmantelada por Tutmosis III, que construyó su propio Santuario reutilizando las jambas de la puerta de Hatshepsut. Más tarde, Amenhotep III hizo uso de los bloques de la capilla roja como parte del relleno del tercer pilono, por lo que han sobrevivido los bloques en buen estado.

En el lado sur del Templo de Amón está el Lago Sagrado. El área fue originalmente un jardín de aves y de pájaros pertenecientes a Amón, que cada día eran conducidos al lago a través de un túnel de piedra. Detrás del lago se han encontrado restos de casas de los sacerdotes.

Los pilonos siete, ocho, nueve y diez están en el eje norte sur del templo principal, llamado eje transversal. Cuando fue excavado el patio de delante del séptimo pilono, se encontró un almacén con un tesoro de 751 estatuas de piedra y estelas, junto con más de 17.000 bronces que forman ahora una gran parte de las colecciones del Museo de El Cairo. Probablemente fueron enterrados en el Período Ptolemaico, aunque se desconoce el motivo.