La capilla sur está peor conservada que la del norte. Fueron puestos de nuevo en su lugar varios bloques encontrados a unos cincuenta metros de su ubicación original. La puerta y la escena de la pared exterior norte fueron atribuidas a Nectanebo I por Varille. Sin embargo, no se conserva ningún cartucho en la puerta y el fragmento de cartucho visible en la pared exterior norte no corresponde a la lectura de Varille ni al primer cartucho de Nectanebo I. El exterior de la pared sur fue decorado bajo el reinado del emperador Domiciano.

Las escenas de la pared exterior de Tutmosis III, situada detrás del obelisco de Hatshepsut, fueron decoradas, en una fecha indeterminada, después de la destrucción del obelisco.