A la antigua ciudad de Kellis, situada a 2 km al este de la moderna aldea de Ismant), se la conoce ahora como Ismant el-Kharab, que significa "las ruinas de Ismant". Se encuentran restos de tumbas de adobe, templos y asentamientos. La ciudad antigua está construida sobre una terraza natural de arcilla nubia, que se encuentra a 4-6 metros sobre el suelo de dos wadis en su noroeste y sureste, y cubre un área de aproximadamente 1050 x 650 m. El área está claramente definida por los restos de edificios de adobe y una cubierta de artefactos, especialmente cascotes. Rodea el sitio una densa dispersión de sílex que contiene algunas herramientas del Paleolítico Medio, pero no hay evidencia de ocupación durante ese período.

Herbert Winlock visitó Ismant el-Kharab a principios del siglo XX, describiendo y fotografiando los bloques que ya han desaparecido. Más recientemente, el sitio se ha investigado continuamente desde la década de 1980.

Habitada desde hace siete siglos, Kellis fue una próspera y bien poblada ciudad comercial. En los dos últimos decenios de excavación se ha descubierto una gran cantidad de restos romanos y coptos, incluyendo casas, iglesias, pozos, una terma, almacenes, acueductos y un cementerio de tumbas particulares. Este es otro sitio cubierto por la arena donde se han conservado muchas de las estructuras hasta una altura de 2 a 4 metros de los primeros momentos del cristianismo en el Egipto romano. El asentamiento todavía está siendo estudiado por varios equipos y se ha encontrado que contiene muchas estructuras interesantes, sobre todo de las épocas romana y cristiana, así como importantes bienes culturales, tales como camas, cerámica y cestería. En las casas del sitio se han descubierto miles de textos literarios y escritos religiosos en griego y copto, en fragmentos de papiro que indican una gran diversidad de creencias: los papiros gnósticos que refieren a la presencia de una comunidad maniquea en el año 300 d.C., ofrecen una versión única del cristianismo según las enseñanzas de los seguidores del profeta Mani, junto con la más ortodoxa fe católica que había comenzado a extenderse por todo Egipto. Se han encontrado tres iglesias de adobe en Kellis, una de ellas ha sido fechada con fiabilidad en el siglo IV d.C. por un tesoro de monedas que se encontró allí y que puede ser la iglesia cristiana más antigua en Egipto.

A pesar de que los libros de madera eran un bien escaso en Egipto, se han encontrado en el sitio tres objetos conocidos como los códices Kellis. Dos de ellos conservan su encuadernación original, son los ejemplares mejor conservados de libros de madera conocidos de esta época y nos ayudan a entender la transición gradual de los rollos de papiro a los libros. Uno de los documentos consta de nueve tablas de madera que contiene discursos e instrucciones de carácter político; mientras que el segundo, con ocho hojas, tiene registros de agricultura y cuentas, pagos en especie hechos a los propietarios por los arrendatarios. Un tercer libro, de una sola tabla, escrito en griego, contiene un contrato de venta de una casa, así es como sabemos que el asentamiento se llamó Kellis y que Dakhla era un centro administrativo independiente de Kharga. Estos códices se pueden ver en el Museo del Patrimonio Kharga.

La estructura más antigua es el Templo Principal, ubicado dentro de un gran recinto en la parte occidental del sitio. El complejo ha sido objeto de investigación desde 1991 y las excavaciones más recientes han revelado cerámica Ptolemaica, quizás dando al sitio una datación anterior. Una via procesional lleva a través del recinto al temenos del templo, al que se entra a través de dos puertas de piedra sin decoración en su parte este, y luego a lo largo de una columnata de adobe a un pórtico y al templo en sí mismo. Esta pequeña estructura de arenisca, que está mal conservada, estaba dedicada a la deidad protectora Tutu (en griego, Tithoes), hijo de la diosa Neith. Una doble puerta, originalmente decorada con escenas de ofrendas, da acceso a un pequeño patio y al templo, que comprende tres salas y un contra-templo de dos salas en la parte trasera. Un relieve de culto pintado y dorado, que era el punto focal del santuario principal o del contra templo, representaba a Tutu y a una diosa. El templo pudo haber sido comenzado durante el siglo I d. C., ya que se encontró una inscripción del emperador romano Nerón (54-138 d.C.), así como fragmentos de papiros demóticos, posiblemente también de ese período. Parece haber sido ampliado y decorado desde los reinados de Adriano (117-38 d.C.) hasta Pertinax (193 d.C.). Los vestigios del mobiliario del templo incluyen fragmentos de pequeñas y grandes esculturas antropomórficas en piedra y yeso, algunas de las cuales dan fe de figuras de Isis y Serapis, altares de piedra y piezas de santuarios de madera elaboradamente decorados, dorados y pintados.

Dentro de los temenos también hay cuatro santuarios de adobe; dos de estos flanquean al templo y dos flanquean la puerta principal del este. Las cámaras laterales y la sala de ofrendas, al frente, tenían techos abovedados y el Santuario central se construyó con piedra. Las paredes exteriores estaban decoradas con columnas adosadas pero solamente se han mantenido pequeños fragmentos de relieves, ya que éste, y el templo más pequeño, sirvieron de cantera para obtener piedra.

Los dos templos y los Santuarios estaban dedicados al dios Tutu y a las diosas Neith y Tapsais. Tutu (Tithoes), un oscuro dios venerado en tiempos Greco-Romanos, era hijo de Neith y tenía el título de "Señor de los Demonios". Fue llamado también "el que guarda los enemigos a distancia" y se cree que ofrecía protección contra las fuerzas hostiles y los demonios del mal. Tutu estaba representado en forma de un león andando, o de una esfinge, a veces con cabeza humana, alas de pájaro y cola de serpiente. Sus monumentos en Kellis son los únicos restos conocidos de un centro de culto para este dios. Otras deidades representadas en el Santuario I de Kellis incluyen a Amón-Re, Mut, Khonsu, Thoth y Nehmetaway, que son también venerados en el templo de Deir el-Hagar en Dakhla y posiblemente en Amheida. En otras áreas de la decoración del Santuario I, los grupos de deidades incluyen a Osiris "Señor de los Oasis", Harsiese, Isis y Neftis, así como a Amón-Nakht (también visto en Ain Birbiya), Khnum Isis y Hathor, es de hecho un inventario de todas las principales deidades representadas en el oasis de Dakhla.

El santuario al sur del Templo Principal, el Santuario I, es más grande que el templo y originalmente tenía 5 m de altura. Pudo haber servido como mammisi (casa del nacimiento), tiene gran parte de su decoración original pintada intacta. En esta estructura, hay dos cámaras, la interna tiene un hermoso techo abovedado pintado que se derrumbó en la antigüedad y fue enterrado por la arena. Los arqueólogos están reconstruyendo el fragmentario puzle de piezas de yeso pintado, reconstruyendo el techo sobre el papel y trabajando en la restauración. La decoración en la cámara de yeso interior del Santuario I fue pintada en una mezcla de estilo clásico y faraónico, interesante por su información sobre el desarrollo artístico durante este período.

En su sala interior se conservan elaborados relieves pintados en las paredes y en los restos del techo abovedado; estos proporcionan evidencia de su uso como mammisi. Un friso clásico de colores alternativos, con motivos florales y pájaros en el centro, estaba coronado por cuatro registros de estilo faraónico que representaban sacerdotes y dioses en procesión ante Tutu, que está acompañado por las diosas Neith y Tapshay. Esta última se describe como "Señora de la ciudad". Estas dos diosas también fueron adoradas en un pequeño templo de piedra arenisca ubicado en el extremo oeste del sitio, dentro del mismo recinto, que probablemente se construyó en la misma fecha que el Templo Principal. El acceso al Templo del Oeste desde el Templo Principal, se hacía a través de una puerta de piedra en la parte posterior de la pared del temenos. Además de las pinturas clásicas en del Santuario I, hay otras en las paredes del patio al este del Templo Principal y en cada una de las otras tres estructuras de adobe. Una sala de la estructura al sur de la entrada tiene tres capas de yeso; la última conserva un elaborado artesonado pintado con pájaros y frutas, y lamás antigua tiene un graffiti de tinta negra que representa a Tutu, Seth, Bes y un buitre alado.

El templo de Tutu parece haber continuado en uso durante toda la vida de la ciudad, con adiciones y modificaciones a su planta. El pórtico, con sus columnas de ladrillos cocidos al frente de plintos de arenisca, dos con inscripciones dedicatorias en griego, fue probablemente añadido en el siglo III d.C. Se agregaron tres grandes recintos al norte del recinto del templo, posiblemente con edificios administrativos e instalaciones de almacenamiento, aunque no se sabe en qué fecha. En el extremo norte se encuentran los restos de una pequeña iglesia adyacente a los restos de dos tumbas monumentales de estilo clásico. La arquitectura de estas últimas es única dentro de Egipto y solo es paralela a los monumentos de Libia; se asemejan a edificios representados en monedas del primer siglo a.C. del norte de África y monedas romanas del siglo II d.C. de Alejandría. Una de las tumbas contenía los restos de once enterramientos con objetos funerarios que consistían en cerámica, vidrio, una cesta y una cama, y numerosos ramos de flores. También fueron encontrados cinco anillos de oro. Los enterramientos se pueden atribuir al siglo III d.C., aunque las tumbas en sí son anteriores. La pequeña iglesia y un edificio de siete habitaciones inmediatamente al sur datan del siglo IV d.C.

En el área B, tres grandes complejos de edificios en una alineación norte-sur son la característica principal de la parte norte del sitio. El complejo sur contiene 216 habitaciones, patios y corredores, algunos conservados hasta el nivel del segundo piso. Varias de las salas conservan vestigios de pinturas murales policromadas de estilo clásico. La excavación ha revelado parte de un gran peristilo contra la pared sur de esta estructura, que se encontraba a unos 5 m de altura. Sus columnas de ladrillos cocidos estaban enlucidas y pintadas y los 2 metros inferiores de las paredes recibían una decoración clásica pintada de motivos de paneles separados por pilastras. El techo se decoró originalmente con una variedad de diseños que incorporaron motivos figurativos. Los registros de sellado de las jarras inscritos en griego que rellenaban los cimientos de la habitación indican una fecha para su construcción anterior al siglo II d.C. Hay evidencia de cuatro fases principales de uso. Construido como una sala formal dentro de lo que probablemente era el centro de la administración, finalmente se utilizó para fines domésticos, incluido el estabulado de animales, durante el siglo IV d.C.

Inmediatamente al norte hay una serie de edificios aglutinantes, que pueden haber sido de uso doméstico, y hacia el norte hay un complejo de naturaleza más formal. Aquí los edificios son de diferente tamaño y complejidad. Uno de ellos comprende un patio rodeado de diez salas revestidas de cal y varias con motivos geométricos y florales policromados. También hay tres edificios con palomares.

Al oeste del área B hay una línea de mausolos que mira hacia el este. Consisten en una cámara de entrada que conduce a una o más salas interiores, todas ellas abovedadas. Algunos también tienen pórticos. Los dos del sur son los más grandes y más elaborados, con tres cámaras interiores (la central está revestida de piedra) y exteriores enlucidos en blanco ornamentados con pilastras y nichos. La cámara trasera central del mausoleo más meridional tenía escenas funerarias pintadas, que fueron fotografiadas por Winlock pero que ahora están destruidas. Este monumento fue limpiado por Bernard Moritz en 1900. Un grupo similar de mausoleos se encuentra al sur del sitio. Ambos grupos parecen haber sido cáveas familiares. Aproximadamente a 0.5 km al noroeste del sitio hay una serie de bajas colinas que contienen un extenso cementerio. Estos han producido enterramientos múltiples en tumbas de una sola cámara, algunas de las cuales tienen momias con cartonajes pintados dorados. Estos enterramientos datan del primeros y segundo siglos d.C. En el sudeste del sitio hay otro cementerio con enterramientos en pozos, algunos con superestructuras de adobe. Están orientados de este a oeste y no disponen de mucho ajuar funerario. Este cementerio parece haber estado en uso durante los siglos tercero-cuarto d.C.

Cientos de tumbas han sido excavadas en los Cementerios más importantes alrededor de Ismant el-Kharab, sobre todo en dos grandes áreas al norte de la ciudad, datados en el rango de fechas del 300 a.C. al 300 d.C. Se han recuperado muchas momias de enterramientos desde el Período Ptolemaico, con ataúdes de cartonaje, mientras que otras tumbas de bloques de piedra contienen cuerpos envueltos en lino colocados en la cámara sin ataúdes. Se han encontrado muchos cuerpos enterrados en un cementerio al oeste del sitio, algunos en circunstancias inusuales. Un Equipo del Proyecto del Oasis de Dakhla que participa en el estudio de los enterramientos de Ismant el-Kharab ha encontrado muchos fragmentos de momias de diferentes cuerpos, envueltos en un soporte de madera para formar un único enterramiento momificado tradicional.

Las partes del este y del centro del sitio son sectores residenciales. Las cerámicas en la superficie del área C indican que pudo haber sido ocupada desde el siglo II d.C. en adelante. La prospección del área A muestra que contiene casas de un solo piso con patios construidos con bloques, muchos de los cuales se conservan hasta el nivel del techo. Estos bloques están separados por áreas abiertas y calles, al menos una de las cuales estaba techada con una bóveda de cañón. Ha sido excavado un grupo de tres casas dentro de este sector, ubicado inmediatamente al sur del área B. Contienen bóvedas de cañón, habitaciones rectangulares y habitaciones cuadradas más grandes, que estaban abiertas o tenían techos planos. Se encuentran en las paredes nichos, estantes abiertos y armarios, algunos originalmente cerrados con puertas de madera, y algunas habitaciones tienen un estante con nervaduras de palma. La mayoría de las puertas de madera, marcos de puertas y vigas del techo se quitaron cuando el sitio fue abandonado, pero quedaron grandes cantidades de artefactos, estos incluyen fragmentos de muebles para el hogar, utensilios (principalmente cerámica), ropa, joyas, monedas y, lo más importante, documentos en copto, griego y ocasionalmente siríaco, escritos en tablas de madera, papiro y, raramente, pergamino. Se han encontrado cuatro códices de madera intactos y en una sola casa se descubrieron aproximadamente 3.000 fragmentos de papiro inscrito que claramente representan parte de un archivo familiar.

Entre este material se encuentran cartas privadas y textos económicos y literarios. Kellis surge como el centro de una economía regional basada en la agricultura. Se comerciaba con pueblos y ciudades cercanas en otros lugares del oasis y tenía contactos con el Oasis de Kharga y con el valle del Nilo. Si bien hay referencias entre los textos de lo que puede ser el cristianismo ortodoxo, ocurren con mayor frecuencia las referencias a uno de sus principales rivales: el maniqueísmo. Una tabla bilingüe inscrita en copto y siríaco documenta los esfuerzos realizados por los proselitistas maniqueos para traducir su literatura sagrada a la lengua vernácula. Los contratos fechados escritos en griego cubren el período del 30-481 d.C.; las monedas y las cerámicas confirman una ocupación de estas casas por el siglo IV d.C. Una cuarta casa con características arquitectónicas similares y similar datación ha sido parcialmente excavada al este de la entrada al recinto del Templo Principal.

Al sur del área A hay una amplia calle este-oeste que se extiende desde la esquina sureste del recinto del Templo Principal en el oeste, pasando por los restos de una casa de baños (con un sistema de calefacción centralizada), y termina en un complejo de dos iglesias con edificios asociados. Estas iglesias del Este, están ubicadas en el borde noreste del sitio. La más grande de las dos es una basílica de dos naves con una cúpula pintada en el ábside y cuatro salas a lo largo de su pared sur; se conserva hasta una altura máxima de 3.8 m. La más pequeña tiene una sola sala con un ábside elaboradamente decorado. Las monedas y cerámicas halladas en la gran iglesia datan de principios a fines del siglo IV d.C. Es, por lo tanto, una de las primeras iglesias construidas en Egipto que nos ha llegado.

Kellis parece haber sido ocupada desde el Periodo Ptolemaico y abandonada en algún momento cercano al final del siglo IV d.C., durante el Período Romano-Bizantino. Las razones para el abandono son inciertas. Posibles factores contribuyentes pueden haber sido la sobreexplotación del suministro de agua local y un aumento de la actividad de las dunas de arena en esta parte del Oasis. Todas las estructuras examinadas revelan un predominantemente relleno de arena arrastrada por el viento con bolsas de colapso de la construcción y ningún rastro de ocupación posterior.

Se han encontrado evidencias para sugerir que hasta entonces era una zona de mucho comercio con transito de personas, y tal vez, como otros asentamientos en los oasis, un lugar de destierro. Antes de salir de la ciudad, los habitantes se llevaron consigo gran parte de la madera y accesorios de las viviendas, causando el rápido colapso de los edificios, que fueron cubiertos por la arena.