Se adoraba allí al toro Mnévis, animal consagrado al dios Re, por ello se han encontrado varias tumbas de estos animales. En el 1º milenio, muchos griegos frecuentaban su clero y eran atraídos a Heliópolis por la calidad de su escuela teológica (Platón).

La antigua ciudad de Heliópolis "Ciudad del sol", se dedicó al dios sol Re y a Atum. Actualmente es un barrio de El Cairo, a unos 10 km al noreste del centro de la ciudad, que empezó a construirse a principios del siglo XX como centro residencial de lujo. Prácticamente no queda nada de lo que fue una de las tres ciudades más importantes como centro de culto desde el Imperio Antiguo.

En la mitología egipcia su nombre fue Iunu, que significa "pilar", "On" bíblica, estaba situada en la región de Tell Hisn y se creía que aquí se elevó la "montaña primigenia" a partir de la cual comenzó la creación del mundo. El "pilar" se refiere al antiguo obelisco al que se rendía culto en este lugar, el más sagrado desde los tiempos remotos. El estatus de la ciudad se desarrolló junto con el culto solar de Re por lo menos desde la Dinastía III y hay muchas referencias a los cultos practicados allí en los Textos de las Pirámides de la Dinastía V, cuyos reyes se cree que proceden de Iunu. Hay referencias a los Santuarios de la piedra "Ben Ben", el dios sol Re, el Fénix y el Obelisco de Atum. Atum es el dios creador de la cosmología heliopolitana que engendró la primera pareja divina, Shu y Tefnut, que a su vez dio a luz a Geb, la tierra, y a Nut, el cielo. Geb y Nut fueron los padres de Osiris, Isis, Seth y Neftis y los nueve dioses formaban la "Gran Enéada Heliopolitana"; todos juntos forman una sola entidad divina.

El contexto arqueológico de los restos antiguos es difícil de interpretar. Sabemos que había una construcción religiosa dedicada por Djoser Netjerikhet de la Dinastía III, cuya tumba escalonada de Saqqara fue el prototipo a seguir por las grandes pirámides. Se encontraron en el templo en Heliópolis excavado en 1903 por Schiaparelli, varios fragmentos de relieves de piedra caliza que se exhiben en el Museo Egipcio de Turín. Los fragmentos muestran las líneas de texto con los nombres de Netjerikhet y algunos de los dioses de la Enéada, haciendo hincapié en la importancia del culto solar en ese momento. Otros fragmentos de la decoración de la pared que han salido a la luz más recientemente indican que la capilla pudo haber sido construida para celebrar la ceremonia del jubileo de Djoser, que tuvo lugar alrededor del año 30 de su reinado.

Muchos reyes posteriores también construyeron monumentos en Heliópolis. La ciudad fue reconocida por su gran número de obeliscos, un símbolo de adoración al sol, que todavía estaban erigidos hasta el Período Tardío. Hoy en día, el único recuerdo de los grandes tiempos es un obelisco de Sesostris I, Dinastía XII, el más antiguo obelisco de Egipto, que originalmente estaba con su compañero delante del templo de Amón. Se ha encontrado ejemplos de reutilización de obeliscos en otros sitios de la región del Delta, lo que demuestra que Heliópolis fue desmantelada poco a poco y su piedra reutilizada en las obras de construcción de Menfis y más tarde de El Cairo. La ciudad que los griegos renombraron como Heliópolis fue incendiada por el conquistador Persa Cambises y de acuerdo con el historiador griego Estrabón estaba en ruinas en el año 24 a.C.

Desde las primeras exploraciones del sitio por Schiaparelli, los posteriores trabajos de excavación se han llevado a cabo por el Servicio de Antigüedades egipcio y por Petrie en 1911, antes de que la ciudad llegara hasta allí. La Universidad de El Cairo ha emprendido la exploración sistemática de la zona desde 1976. El enorme tamaño del sitio se extendía más allá de los límites de la zona del templo, siendo un gran centro religioso y del comercio entre Egipto y el Oriente Medio.

El obelisco de Sesostris I se encuentra en un parque en las afueras de Heliópolis en Mattariya. En el parque, también hay unos pocos restos de otros hallazgos de Heliópolis, incluyendo algunas bases de columna de granito de un templo de Amenhotep III. Se puede ver en el museo al aire libre un naos tallado en cuarcita roja de Tutmosis III de la cantera de Gebel Ahmar.

Recientemente se ha descubierto en la zona residencial de Heliópolis un sepulcro que pertenece a Wadj-Hor, un servidor del palacio de la Dinastía XXVI. La tumba se encontró a 10 metros por debajo de la superficie actual del suelo. Se ha encontrado tres cámaras abovedadas que se abren a otra sala abovedada y en los escombros había 29 ushebtis con el nombre de Wadj-Hor. En el sur de la cámara, se han encontrado tres sarcófagos de piedra caliza.

Durante el año 2006, excavando en los distritos Ain Shams y Matariya de Heliópolis, los arqueólogos han descubierto piezas de un gran templo solar faraónico. Los objetos encontrados son: adoquines verdes del suelo, una estatua de granito rosa, que pesa cuatro toneladas, que se cree que es de Ramsés II, y otra estatua sentada en la que están inscritos los cartuchos de Ramsés II. Hay planes para eliminar los edificios en la zona y llevar a cabo una excavación más profunda que pueda revelar mucho más del pasado de la antigua Heliópolis.

∗ Restos de muros de adobe en el área de Tell Hisn.
∗ Evidencias de varios templos o partes de uno sólo que datan del Imperio Nuevo.
∗ Obelisco de granito rojo de Sesostris I, que data de la XII Dinastía, único vestigio existente del templo de Re.
∗ Restos de una capilla del rey Dyeser (II Dinastía).
∗ Tumbas de la VI dinastía, en su mayor parte de oficiales, al sureste del obelisco.
∗ Varios templos y un cementerio de bueyes.
∗ Restos de la época ramesida: altar de alabastro.