Isla de Filae, "la perla de Egipto", situada en la primera catarata, sobre la cual se creó un conjunto de monumentos consagrados a la diosa Isis. Estas construcciones fueron desmontadas, trasladadas y reconstruidas, bajo el patrocinio de la UNESCO, sobre la isla de Aglika, cercana a Filae pero más elevada. La nueva Filae fue inaugurada en 1980.

El más antiguo de los monumentos que ha perdurado en Philae es el quiosco de Nectanebo I, de la Dinastía XXX, aunque hay pruebas de que fue edificado durante la Dinastía XXV. La mayoría de las restantes estructuras son Ptolemaicas y romanas y fueron reutilizadas por los primeros cristianos, cuando el templo fue cerrado definitivamente por el emperador Justiniano en 550 d.C. El templo principal está dedicado a Isis y era el centro del culto de Isis y Hathor durante el Período Romano. Fue el último templo pagano en uso en Egipto.

Hay muchas leyendas relacionada con Philae, pero la más conocida cuenta la historia de cómo Isis encontró aquí el corazón de Osiris después de ser asesinado por su hermano Seth.

Comenzando en el sur de la isla, el pabellón de Nectanebo es una sala con paredes de pantalla vinculadas por airosas columnas. Hay dos columnatas en los lados este y oeste del patio que conducen al primer pilono del templo. Cada columna tiene un capitel floral diferente. El primer pilono fue construido por Ptolomeo XII y está decorado en estilo tradicional egipcio con relieves del rey sometiendo a sus enemigos y adorando a la diosa Isis. Hay dos portales, el principal es una puerta construida por Nectanebo, y si se mira en lo alto de la pared del este hay inscripciones del ejército francés cuando lo visitó en 1799. El otro portal, en la torre occidental, lleva a un mammisi donde Isis está representada amamantando a su hijo Horus en los pantanos. En el lado oriental del patio interior hay otra columnata con una serie de cámaras detrás. En el extremo sur de la columnata está el altar de granito de Taharqa, el objeto más antiguo de la isla. En frente del segundo pilono el afloramiento natural de roca sobre la que se construyó fue suavizado para crear una estela de donación de tierras al templo por Ptolomeo VI.

El segundo pilono lleva a la sala hipóstila y una escalera en la torre oeste conduce al tejado, donde se puede encontrar un conjunto de cámaras de Osiris en las que se describe la muerte y el duelo del dios en relieves similares a los de las salas de Osiris en otros templos Ptolemaicos.

La sala hipóstila es pequeña y modesta en comparación con las de otros templos de esta época. Una serie de tres vestíbulos llevan al Santuario central. Las cámaras de cada lado tienen entradas a las criptas. El Santuario de Isis todavía contiene un pedestal para depositar la barca sagrada durante las procesiones y las fiestas de la diosa.

Saliendo del templo principal por una puerta en el este, se puede visitar el pequeño templo de Hathor, construido por Ptolomeo VI y VIII, con columnas papiroformes y representaciones del dios Bes junto con un mono tocando un instrumento musical.

Muy cerca se encuentra el kiosco de Trajano, probablemente el monumento más distintivo de Filae. Los relieves dentro de la estructura rectangular de 14 columnas con muros de pantalla, muestran el emperador Trajano haciendo ofrendas a Isis, Osiris y Horus. El techo ha desaparecido. El kiosco, abierto y espacioso, estaba en su momento en el camino de la entrada principal al templo desde el río.

Las paredes exteriores del Templo de Isis representan escenas talladas por los emperadores Augusto y Tiberio. Los edificios de adobe en el este y norte (hoy destruidos) habrían albergado a los sacerdotes romanos y al personal del templo. También en el extremo norte de la isla se puede ver un muelle romano y una pasarela construida por Diocleciano. En el lado occidental de la isla, cerca del mamissi Ptolemaico, hay un nilómetro que se interna en el río para medir la altura de la inundación anual, en los tiempos antiguos, con el fin de evaluar los impuestos para la próxima cosecha.