Data del Período Ptolemaico y Romano y fue uno de los últimos templos construidos en Egipto. Se encuentra excavado dentro de en su pozo a 9 m por debajo del nivel del suelo actual. Estaba dedico al dios Khnum y a otras deidades, como Neith, Heka, Satet y Menheyet.

El templo de Esna fue construido con una planta similar a los templos de Edfu y Dendera pero solo nos ha llegado la sala hipóstila, que fue construida por el emperador romano Claudio quien extendió los edificios anteriores. La parte más antigua de la estructura que nos ha llegado está en el lado oeste (trasero) de la pared que habría sido la fachada del templo original, que tiene representados relieves de Ptolomeo VI Philometer y Ptolomeo VIII Neos Filopator. El primer rey mencionado aquí es Ptolomeo V, que está ofreciendo una libación por su hijo Ptolomeo VII. La parte del templo que vemos hoy es aproximadamente la cuarta parte del tamaño del edificio original.

El techo de la sala hipóstila sigue intacto, con 24 columnas cada una con diferente capitel floral. Están decoradas con textos que describen las fiestas religiosas de la ciudad y de varios emperadores romanos ante los dioses. Una de las columnas muestra al emperador Trajano bailando delante de la diosa Menheyet. También está mencionado en los textos otro templo cercano que ha sido excavado en Kom Mer, al sur de Esna.

La pared norte de la sala hipóstila muestra una escena tradicional del Rey cazando aves silvestres con una red (en representación de los malos espíritus). Justo en la esquina de la pared este se encuentra un desconcertante relieve, en la parte inferior, de un calendario que se cree es un criptográfico himno para Khnum. Sus jeroglíficos, en su mayoría cocodrilos, son simétricos a los de la esquina contraria de la misma pared con jeroglíficos de carneros. Además, integrado en la pared oriental desde la entrada, hay una pequeña cámara que pudo haber sido la habitación de las vestimentas sacerdotales, similar a otra que se encuentran en el Templo de Edfu, o, posiblemente, una capilla con cartuchos de Domiciano. La decoración de la pared sur fue tallada por Septimus Severo y sus hijos, Geta y Caracalla, representando a ellos mismos delante de varias divinidades. Hay calendarios en la parte superior de los muros norte y sur.

El techo de la sala hipóstila muestra figuras astronómicas egipcias en la mitad norte, y signos del zodíaco romano en la mitad sur. La fachada del templo está construida en el estilo de la época con muros de pantalla entre las columnas. Los relieves muestran a los emperadores romanos dentro de cartuchos ante muchas deidades del Alto Egipto. Hay un friso con los dioses del Nilo a lo largo de la base de la fachada.

En el patio en frente del templo hay una estatua de la diosa Menheyet o Menhyt que era una diosa poco conocida con cabeza de león, nombrada consorte de Khnum en Esna.