La Iglesia del Pilar es un edificio mediano de 16 m por 15 m, construida sobre un terreno irregular, sobre una plataforma artificial formada por la nivelación de la arquitectura residencial. Fue construida en ladrillo rojo, incluyendo ladrillos de forma especial para la construcción de pilares redondos y pilastras. La planta era del tipo cruciforme dentro de un rectángulo con los brazos proyectados el norte y al sur. Tenía las entradas en cada brazo, como en los edificios cruciformes CC y B.III. Las naos de cuatro columnas tenían pilastras muy prominentes que sobresalían de las paredes laterales y probablemente estaban abovedadas sobre la parte central. En la zona oriental, a ambos lados del ábside, había pastoforios en forma de "L" invertida, muy parecidos a los de la Tercera Catedral (RC.I), con entradas en las paredes laterales de la naos. Un corredor oriental conectaba los pastoforios por detrás del ábside.
Falta la parte occidental de la iglesia. Había un synthronon en el ábside y los postes de albañilería del prebisterio que separaban la parte del este de la naos con el altar de mampostería colocado centralmente en el bema. El púlpito se ubicaba tradicionalmente por el pilar nororiental. La mesa del altar estaba junto a la pared oriental y en la parte norte del diakonikon se colocó contra la pared del ábside un horno para hacer el pan de la Eucaristía, aunque no está claro si se había construido allí originalmente o se añadió más tarde. La datación de la Iglesia del Pilar no es definitiva, pero es probable que no sea posterior a la segunda mitad del siglo IX. Casi seguramente se construyó antes de la reconstrucción de la Tercera Catedral.