La iglesia supuestamente más antigua de Dongola, es la iglesia vieja. Era una basílica de tamaño mediano (27.15 m por 19.10 m), tres naves con pilares y un naos que se ensanchó en el extremo este para formar una especie de pequeño crucero. También tenía un narthex en la parte occidental de la naos. El ábside estaba separado de la pared oriental de la iglesia, pero hay dudas sobre si el paso entre los pastofórios ya existía.
Los dos pastofórios, uno a cada lado del ábside, eran accesibles desde la naos a través de las puertas colocadas centralmente. La habitación del sureste servía de baptisterio, dotada de una piscina redonda y profunda y dos juegos de escalones, al este y al oeste. La entrada monumental al sur, aparentemente la única entrada a la iglesia, estaba situada al lado de una escalera de la esquina. Al este de la entrada había un anexo que servía de capilla. El mobiliario litúrgico era característico: un synthronon en el ábside, el altar en el santuario (bema) en el extremo oriental de la nave, separado del resto de la naos por una pantalla de altar parcialmente preservada. El púlpito se ubicó en la arcada norte de la nave, colindando con el extremo occidental de la pantalla del altar.
Gartkiewicz fechó la construcción y el uso de la iglesia inicialmente en la época comprendida entre mediados de los siglos VI y VIII, y más tarde en la primera mitad del siglo VII. Godlewski (1990) situó la construcción en la segunda mitad del siglo VI, tal vez incluso a mediados del siglo, cuando el reino de Makuria se convirtió al cristianismo. Un depósito de cerámica de Dóngola, consistente en pequeños tazones rojos con decoración pintada, descubierto en la capa de fundación de la escalera de la iglesia, confirmó la datación a mediados del siglo VI (Pluskota 1990).
PM. Gartkiewicz (1990: 88-94) señaló fuentes de inspiración para el diseño de la Iglesia Vieja en Egipto, así como la Cirenáica (basílica de Hermópolis Magna, Iglesia este de Apolonia), pero también en Palestina y Siria (iglesias en el-Tabha y Sardijlla). Los ejemplos sirios y palestinos están más cerca de la Iglesia Vieja en la escala y la planta, así como en la forma del extremo este del edificio. La basílica de et-Tabha (Krautheimer 1981: 168-169) también tenía un pasaje que unía los pastofórios detrás del ábside en forma de media luna, convirtiéndolo en el paralelo más cercano del edificio de Dóngola. Otra característica aparentemente compartida por la Iglesia Vieja es la conexión entre la naos (transepto) y las pastofórias a través de puertas centradas en las paredes separadoras. Las basílicas que tienen transeptos fueron soluciones populares solamente durante los siglos V y VI, colocando así a la variante de Dóngola dentro de la corriente principal de la arquitectura bizantina.