El auge de la construcción que siguió en el sitio de Dóngola a mediados del siglo VII incluyó la reconstrucción de la Primera Catedral como una basílica con cúpula. Esto proporcionó la inspiración para numerosos proyectos de renovación de iglesias por todas partes de Makuria. Modificaciones del mismo tipo se introdujeron en la Iglesia Mosaica, aunque sabemos poco con certeza. Presumiblemente después de que las columnas fueran extraídas de la parte central de la basílica, en su lugar se erigieron cuatro pilares redondos, utilizando bloques de piedra. Estos pilares se erguían sobre el suelo de piedra de la basílica y probablemente sostenían una cúpula central, estableciendo así una planta de basílica con cúpula, pero con nuevos rasgos significativos.
El tramo de arcos entre los pilares centrales era más ancho que los tramos de arcos laterales al oeste y al este, resaltando la posición central de la naos. La decoración interior también fue una preocupación importante en la Segunda Iglesia Mosaica (MC.II), como reveló el mosaico del suelo. No fue más que un diseño geométrico colocado con la misma técnica local que en el caso de la Segunda Catedral (EC.II). Aunque hay poca evidencia cronológica específica para la reconstrucción de la iglesia Mosaica anterior, el mosaico del suelo sugiere una probable fecha de ejecución en la segunda mitad del siglo VII.
Otra característica importante era el pórtico occidental de cuatro columnas con un espacio intercolumnar central más ancho. Un pórtico frontal en la fachada occidental está presentado como en la Iglesia de los Profetas, Apóstoles y Mártires de Gerasa, hay razones para creer que la estructura gerasiana influyó en gran medida en la forma en que la Iglesia Mosaica de Dongola fue reconstruida. También, tenía un diseño cruciforme central de la naos y cuatro salas en cada una de las esquinas. En el sentido funcional, la interpretación de esta iglesia permanece abierta; por un lado, estaba dotada de una piscina bautismal, pero por otro lado, pudo haber estado conectada inicialmente con las presuntamente tumbas rocosas reales encontradas en las inmediaciones.