(EC.II = Iglesia del pavimento de piedra)
El diseño modificado de las iglesias de Dóngola desde la mitad del siglo VII es el resultado de, por un lado, la destrucción bélica causada por el asedio árabe de AD 652, y por otro lado a partir de una adaptación creativa de la planta de las basílicas con cúpula de moda en todo el Imperio bizantino en ese momento (Krautheimer 1981).
El cambio en la catedral original ciertamente estaba forzada por los graves daños al naos que las fuentes árabes señalan como la destrucción de la iglesia principal de Dóngola (Vantini 1975). Las columnas y capiteles rotos fueron retirados del interior y se volvieron a utilizar en la construcción de una nueva torre de defensa en la Ciudadela. La naos fue reconstruida, ampliando los cimientos de la parte central y erigiendo cuatro enormes pilares de apoyo para la proba cúpula central. Las naves laterales, separadas de la nave por los pilares, fueron retechados con bóvedas. Las partes occidental y oriental de la basílica se mantuvieron sin cambios. Se introdujeron algunas modificaciones de los muebles litúrgicos. La piscina bautismal se redujo, quitando las escaleras occidentales y dejando un cuenco en forma de cruz.
La decoración interior fue también reformada, los único restos que nos han llegado están en el Bema, donde se colocó una cama de mortero y polvo de laddrillo en el suelo de mosaico negro geométrico. Esta forma local de mosaico está hecha, sin duda, por artesanos locales, y es un buen ejemplo de las aspiraciones de los fundadores (obispo? Rey?) que querían una decoración de inspiración bizantina en el interior, probablemente inspirada en ejemplos de Siria y Palestina.
Las características técnicas de los mosaicos de Dóngola (otros ejemplos de este arte se han conservado en la Iglesia Mosaica II) demuestran que los talleres locales estaban aislados de sus contrapartes mediterráneas, lo que es comprensible en la segunda mitad del siglo VII.