La fundación de una diócesis en Dóngola, que ocurrió probablemente en la séptima década del siglo VI (Godlewski 2002b), se puede vincular con la construcción de una nueva iglesia en Dóngola. Este edificio, EC.1, reemplazó al anterior edificio X (BX), aparentemente dañado por una catástrofe natural. Los depósitos de limo negro del Nilo encontrados en el interior de los restos de BX sugieren una gran inundación que no debió de haber dañado al edificio pero elevó el nivel ocupacional dentro de él por lo menos un metro. Esto propició que el primer obispo de Dongola (y Makuria) decidiera la construcción de una catedral con cinco naos separadas (Godlewski 2006a) en lugar de la reconstrucción de la basílica anterior.
La planta del edificio y el diseño de las cámaras oriental y occidental permanecieron sin cambios. Era una gran estructura rectangular, 33,40 m por 23,60 m, construida de ladrillo rojo con el eje hacia el oeste, como edificio X antior. Fue hecha una nueva entrada meridional en el centro de la naos, para tener mejor acceso desde la ciudadela. La nave central era una y media veces más ancha que las laterales, que eran accesibles desde el narthex. Los pasillos estaban separados por cuatro filas de columnas de granito rosado. Los restos del granito de las columnas han sobrevivido en el relleno que descansa en los cimientos. Las columnas tenías bases suavemente redondeadas y los capiteles tenían hojas en las esquinas soportando un ábaco con lados ligeramente cóncavos. Entre las hojas había anillos con cruces griegas inscritas del tipo maltés o de brazo recto. Las capiteles más pequeñas de granito rosa que se encuentran en la Iglesia Cruciforme (CC), así como la Sala del Trono, deberían probablemente ser considerados como los restos de EC.I. Esto sugiere que la primera catedral de Dóngola tenía emporia y columnatas superiores por lo menos en la nave. Una escalera construida en la sala de la esquina del noroeste conducía a los emporios.
El interior presumiblemente estaba decorado con pinturas murales. Se conservaron fragmentos de yeso pintado imitando el revestimiento de mármol en las paredes de la piscina bautismal. Un techo de madera cubría la basílica. Los restos de los muebles litúrgicos incluían un synthronon en el ábside, preservado en parte, y una pantalla de piedra de altar en la parte del este de la nave, encerrando una mesa de altar delante del ábside. La ubicación del púlpito es incierta. En la sacristía del sur, que lindaba con el ábside, había una piscina bautismal profunda y redonda, amueblada con dos juegos de escaleras, uno al este y el otro al oeste. Un pasaje detrás del ábside conectaba los pastoforios. La entrada al pozo de las criptas en el edificio X se adaptó al nuevo nivel del suelo de piedra.
La gran basílica de cinco naves construida de esta manera proporcionó un modelo para los demás edificios de este tipo en Makuria. Pudo haber servido de modelo para la reconstrucción de la primera catedral del obispo Longino en Qasr Ibrim, la Iglesia Vieja, en basílica cinco naves, así como para la edificación por el obispo Aetios de una nueva catedral en Pachoras. Presumiblemente le siguió la creación de una diócesis, en cuanto era deseada por el rey y el obispo de Dóngola en los años 620.