La segunda iglesia cruciforme pertenece al último período de construcción de iglesias en Dóngola, aunque es difícil hablar de una nueva estructura en este caso. La Iglesia Cruciforme original fue destruida durante el segundo ataque mameluco contra Makuria en 1286 y tuvo que adaptarse apresuradamente para atender las necesidades litúrgicas. Las estructuras interiores anteriores se utilizaron para reforzar los soportes de la cúpula central por el triforio oriental. Sin embargo, la cúpula central había sido destruida y los escombros debían ser removidos. La entrada del oeste estaba bloqueada y durante las excavaciones apareció una piedra angular con un monograma del rey Georgios I (?) en el arco central, posiblemente tomada de uno de los arcos de entrada del templo anterior. Se estrecharon las entradas en los brazos del norte y se quedoó sin cambios un vestíbulo cuadrado, anteriormente añadido frente a la puerta sur.
El extremo oriental de la naos sufrió la mayor alteración. Frente al pórtico, entre las bases de las cuales todavía se encontraba el synthronon original, se construyó un enorme ciborio, con su cúpula apoyada sobre cuatro pilares en esquina. Se colocó un altar en el centro del ciborio. En el lado oeste, el ciborio estaba unido a las paredes antiguas, que limitaban el extremo este de la naos al este, frente al pórtico oriental. Era una especie de pantalla del santuario, con un templon colocado centralmente, del cual solo queda la posición de los postes. La existencia de un techo sobre esta parte del edificio sigue siendo una pregunta sin respuesta.