La antigua catedral, EC.II, fue desmantelada enteramente hasta el nivel del suelo, y junto con las bases de la basílica constituyó la construcción de la plataforma para la nueva estructura, la iglesia cruciforme (Godlewski 1990), el edificio más grande descubierto. La sección oriental (de 7,40 m) fue separada del edificio por una pared, que tenía una pequeña puerta que da acceso a un espacio cerrado.
Es muy probable que los brazos del edificio estuvieran cubiertos con bóvedas de cañón, mientras que la parte central estuviera abovedada. La altura total del edificio fue probablemente de más de 28 m. Las columna de granito rojo y gris utilizadas en el interior del edificio, en el triforio y en la parte central, fueron espoliadas de los edificios anteriores. Las de granito rojo pudieron formar parte de la catedral EC.I.
Una gran cinborio debió de estar situado en el centro del edificio, apoyado en las cuatro columnas de granito que se encuentran caidas en el suelo. Cuatro columnas compuestas dealrededor de 6,50 m de altura. En las esquinas del espacio central había unas vigas de madera donde se hallaban suspendidas las luces alrededor de la cúpula. Un synthronon, parcialmente conservado, se localizaba entre las bases del triforium del este y el espacio de cada lado, y era parte de la estructura formada por las barreras de madera colocadas entre las columnas y pilastras del pórtico oriental. La posición del altar no está identificada.
El tamaño y la forma excepcional de la iglesia cruciforme sugieren que fue una fundación Real. De Abu Makarim (Abu Saleh) sabemos que el (rey - Augusto) Zacarías encargó la construcción de la iglesia en Dóngola como una expresion de agradecimiento a Dios por el regreso sano de hijo Georgios desde Bagdad en el año 835/6. En uno de los pilares hay un registro (monograma), donde se puede leer como "Georgios" fundó en la parte central de la pared la entrada hacia el brazo oeste.
La iglesia cruciforme (CC) realizaba varias funciones conmemorativas. La extensión del brazo oriental contenía una capilla sobre las tumbas de los apóstoles de Makuria enterrados en las criptas de la iglesia BX. La parte central, bajo la cúpula, probablemente tenía una cruz de plata, tomada por los ejércitos mamelucos después de la incursión en Makuria del año 1276; la cruz pudo haber contenido astillas de la Veracruz. El edificio entero debió haber sido una acción de gracias a Dios por el retorno sano y salvo de Georgios desde Bagdad, y la renovación estable de relaciones con el califato Abasí, un hecho de capital importancia política y económica para Makuria han firmado en el año 652.