Orientado hacia el Nilo, el Templo de Hathor sigue el plano bastante típico de otros templos de la época Greco-Romana. Es uno de los templos más extensos y mejor conservados que nos ha llegado, debido a su construcción tardía, aunque hay textos que se refieren a Santuarios anteriores en este sitio a partir del Imperio Antiguo. Está dedicado a la diosa Hathor y su mitológica relación con su consorte Horus de Edfu. El templo actual se inició antes del reinado de Ptolomeo VIII Evergetes II, cuyo nombre se encuentra en las criptas, continuó a través de los reyes Ptolomáicos y se completó durante la época romana.

El templo principal tiene una imponente fachada construida con un muro de pantalla dividido por 6 columnas hathoricas y una gran cornisa curva con un disco solar alado en la entrada. Lleva directamente a la primera sala hipóstila o pronaos, que contiene un bosque de 18 columnas Hathoricas similares a las de la fachada. El techo de la primera sala hipóstila es de particular interés, está dividido en 7 grupos de figuras astronómicas bien conservadas con facciones de la diosa Nut, buitres, y discos solares alados, y los signos romanos del zodíaco. Las paredes están decoradas con escenas de los emperadores romanos como faraones haciendo ofrendas a Hathor.

La pared posterior de la primera sala hipóstila era la fachada del templo original. Una puerta conduce a un sala hipóstila más pequeña conocida como la "sala de las apariciones", donde la estatua de la diosa se aparecía en su viaje anual desde el templo. Seis columnas Hathoricas más pequeñas sostienen el techo que admite la luz a través de aberturas cuadradas. Las paredes muestran escenas del Rey participando en las ceremonias rituales de fundación. Los cartuchos se dejaron en blanco debido a la incertidumbre de la época. A cada lado de esta sala hay tres cámaras que eran utilizadas como almacenes o capillas relacionadas con los rituales diarios y también en cada lado hay acceso a las escaleras que conducen a la azotea.

Más allá de la segunda sala hipóstila hay una "sala de ofrendas", donde se llevaban a cabo los rituales diarios por los sacerdotes y sacerdotisas de Hathor. Al frente de esta cámara está la "sala de la Enéada" o la "sala del ciclo de los dioses", donde se reunieron los días de fiesta las estatuas de las divinidades asociadas. Un Santuario de la barca central, contenía la naos, donde estaba la estatua de culto de Hathor. A ambos lados de la puerta, se muestra al Rey ofreciendo un espejo de cobre, uno de los emblemas sagrados de la diosa Hathor.

Un pasaje alrededor del Santuario contiene 11 capillas dedicadas a diferentes divinidades y símbolos religiosos. La más importante de ellas es la cámara que está justo detrás del Santuario que tiene imágenes y símbolos de Hathor. En lo alto de la pared de esta cámara hay un nicho que contiene un relieve de Hathor y este punto se corresponde con un Santuario del "oído que oye" en la parte exterior del templo, donde se ofrecían las oraciones a la diosa.

Debajo de los pisos de las cámaras de culto había 14 criptas para almacenar los tesoros del templo. 11 de ellas estaban decoradas y pintadas y se presume que algunos de los rituales más secretos de la diosa se asociaron a estas pequeñas cámaras. El más importante objeto de culto almacenado en las criptas era un icono del ba de Hathor, que era llevado desde su Santuario hasta el techo del templo durante el festival de cada Año Nuevo.

A la derecha del Santuario hay un pequeño patio al aire libre donde se llevaron a cabo los sacrificios durante la fiesta de Año Nuevo. Un tramo de escaleras al final del patio lleva a un kiosco conocido como el "lugar puro", que tiene un hermoso techo que representa a una enorme figura de la diosa Nut mostrando el ciclo del nacimiento del sol cuyos rayos están brillando debajo de Hathor.

La escalera oeste asciende hasta el tejado en compañía de una procesión de sacerdotes que llevaba los estandartes y los símbolos de la diosa, y también muestra varios aspectos del festival de Año Nuevo. Hay que hacer notar que los sacerdotes ascienden en el lado derecho y descienden en el lado izquierdo de la escalera que gira al ascender encontrando varias salas a diferentes niveles. La escalera es oscura, iluminada sólo por pequeñas aberturas en las paredes. En la parte superior hay un conjunto de cámaras conocido como las "habitaciones de Osiris". En el interior de las dos salas, Isis y Neftis se muestran de luto por la muerte de Osiris que está representado en su funeral a la espera de ser resucitado por rituales mágicos. Aquí también Isis es mágicamente impregnada de la semilla de su hijo Horus como dice el mito. En el techo pueden verse figuras astronómicas.

En una sala del lado este de la azotea se representa el festival lunar de Khoiakh en el que se llenaba una "cama de Osiris" con tierra y semillas de cereales como parte de un importante ritual de fertilidad. Las paredes de la primera sala muestran escenas del ajuar funerario de Osiris, incluyendo sus vasos canopos, y en el techo está representada otra vez Nut junto con otras figuras astronómicas. En la otra mitad del techo hay una copia en yeso del famoso "Zodiaco de Dendera" cuyo original se encuentra ahora en el Louvre de París. La sala interior representa escenas del mito de Osiris, similares a las del conjunto occidental, así como relieves de importancia cósmica. Estos dos conjuntos de cámaras están dedicados a la muerte y resurrección del mito de Osiris, que reflejan los misterios del nacimiento divino del propio hijo de Hathor, Ihy.

En la esquina suroeste del techo hay un quiosco o capilla con 12 columnas Hathoricas conocido como la "capilla del disco". Aquí la estatua de la diosa era llevada en la mañana de Año Nuevo para reunirse con los primeros rayos del sol, el disco solar.