Cuando el cristianismo se convirtió en la religión dominante de Egipto, se construyó una basílica en el complejo del templo de Hathor. Los restos de esta estructura sugieren que fue construida durante el siglo V dC., y está considerada un buen ejemplo de la primitiva arquitectura de iglesia copta. Finalmente, el complejo fue completamente abandonado como lugar de culto. Cuando los expertos que acompañaban a Napoleón durante su campaña en Egipto visitaron por primera vez el lugar encontraron en él una aldea árabe con siglos de antigüedad, y algunos de los techos del antiguo templo estaban ennegrecidos a consecuencia de la exposición al humo que sus pobladores producían al cocinar con fuego a lo largo de los siglos.