Los artesanos que vivían en la aldea de Deir el-Medina durante el Imperio Nuevo adoraban a una variedad de deidades, construyeron muchos pequeños Santuarios y capillas votivas en las proximidades de la aldea. La mayoría de las capillas se encuentra en el extremo norte del sitio, en la zona del templo ptolemaico de Hathor. También hubo un pequeño Santuario dedicado a Ptah, cerca de las chozas de los obreros en la montaña, a mitad de camino entre Deir el-Medina y el Valle de los Reyes.

La diosa cobra Meretseger, a veces identificada como una forma de Hathor o "Diosa del Occidente", fue uno de los dioses favoritos entre los obreros. Su nombre significa "la que ama el silencio" y se creía que vivía en el-Qurn, la montaña que domina el Valle de los Reyes. Su ámbito abarca la totalidad de la necrópolis tebana, pero las familias de Deir el-Medina, en particular, le dedicaron muchos Santuarios, creyendo que castigaba el crimen cegando con si mordedura venenosa, saltando para expiarlo desde las estelas erigidas en su nombre. Uno de los más grandes Santuarios en la roca está situado al sur del pueblo en el camino de montaña al Valle de las Reinas donde fueron erigidas muchas estelas en nombre de los reyes y altos funcionarios de las Dinastías XIX y XX.

El dios Ptah originario de Menfis era considerado el patrón de los artesanos. El Santuario de Ptah y Meretseger parece haberse erigido a comienzos de la Dinastía XX, pero se encuentran fragmentos de piedra con inscripciones de la Dinastía XIX que sugieren que pudo haber sido construido en una fecha anterior. Fue excavado por primera vez por Ernesto Schiaparelli en 1906.

Había siete pequeños Santuarios o capillas en el lugar, ahora en su mayoría en ruinas. En la parte posterior de los Santuarios fueron puestas grandes estelas, algunas de las cuales todavía se pueden ver aunque los relieves están muy desgastados o dañados y algunos son casi imposibles de distinguir a menos que se vean con una luz adecuada. La mayoría de las estelas llevan los cartuchos de Ramsés III pero en una de ellas, que se conserva mejor, hay una representación del Rey Setnakht con las diosas "Mut de Aser" y Hathor recibiendo de Amón-Re y Ptah el símbolo Heb-Sed. En una de las paredes muy erosionadas hay un gran relieve de la diosa Meretseger con cabeza de cobra. Algunas de las estelas, aunque en mal estado, todavía tiene restos de colores en sus pinturas.