El mayor de los templos existentes hoy en día en Deir el-Medina es un templo de la "Diosa de Occidente" Hathor, situado en la colina al norte de las casas de los obreros. El templo está construido en el sitio de varios templos anteriores; el primero, construido por Tutmosis I, y un templo de Ramsés II, fueron destruidos durante el Período Ptolemaico, cuando Ptolomeo IV Filopator inició el actual templo de Hathor. Este fue uno de los últimos templos rodeado de un alto muro de adobe.

La puerta del recinto fue añadida por Ptolomeo XIII Neos Dionysos, que también está representado en el dintel de la entrada a la sala columnada. Después hay un estrecho vestíbulo, decorado por Ptolomeo VI Filometor, con una escalera en el lado izquierdo que conduce a la azotea. El vestíbulo está bellamente decorado con columnas florales y pilares Hathoricos en muy buen estado de conservación y todavía con mucho colorido. Una columna al lado izquierdo de la puerta del vestíbulo muestra a Imhotep divinizado con su madre y su esposa, y a la derecha se muestra a Amenhotep, hijo de Hapu, deificado.

El vestíbulo tiene tres puertas que conducen a tres Santuarios dedicados a la diosa Hathor como diosa local de la necrópolis tebana (centro), Amón-Sokar-Osiris, representando el inframundo (izquierda) y Amón-Re-Osiris como dios solar (derecha). Los relieves en cada uno de los Santuarios, muestran al Rey haciendo ofrendas a una amplia variedad de deidades. En el Santuario de Amón-Sokar-Osiris hay un relieve con una escena del juicio donde se pesaba el corazón, por lo general sólo se ve en las tumbas. Otra escena de este Santuario muestra al carnero de cuatro puntas de Mendes, que representa a los cuatro vientos.

Hay restos de varias capillas votivas detrás de la pared norte. En el lado sur del recinto hay un mammisi de adobe, común en los templos Ptolemaicos, construido por Ptolomeo X Sóter II y Cleopatra III. Un Iseo romano (Capilla de Isis), probablemente construido por César Augusto, estaba situada en la pared oeste detrás de los Santuarios. El templo fue posteriormente reutilizado como monasterio copto.

En la ladera inmediatamente al norte del recinto del templo ptolemaico se pueden ver los escasos restos de un templo dedicado al culto de Amenhotep I (que se cree que es el fundador de la aldea de los trabajadores). Justo enfrente de ellos, está la reconstruida gran capilla de Hathor construida para los trabajadores por Seti I. En la ladera opuesta a la entrada del templo ptolemaico se encuentran los restos de un templo construido por Ramsés II y dedicado a Amón, Mut y Khonsu, la tríada de Tebas.