En la antigüedad Dakhla era conocido como Zeszes, el "Lugar de las Dos Espadas", porque está dividido en dos áreas distintas. También ha sido llamado el-Wah, el "interior de Oasis". Tiene cerca de 65 kilómetros de largo de noroeste al sureste y una anchura máxima de cerca de 20 kilómetros, limita al oeste con el Gran Mar de Arena, al norte con un acantilado de piedra caliza y al este con la meseta Abu Tartur. Desde el-Kharga la distancia es de 150 km. Desde Farafra la distancia es de alrededor de 230 kilómetros. Dakhla es la región más poblada en el Wadi el-Gedid, o "Valle Nuevo".

Qasr es la ciudad principal, situada en el oeste; Mut, en el centro, es la mayor ciudad del oasis con 15.000 habitantes, mientras que las dos aldeas más pequeñas de Bashendi y Balat dominan el este.

Hay pruebas de que Dakhla, al igual que otras regiones del desierto, ha sido habitada desde la Prehistoria; se han encontrado aquí huesos fósiles asociados a los asentamientos humanos de hace 150.000 años. Cuando la región se volvió gradualmente más árida, la gente comenzó a desplazarse hacia las fuentes de agua. Sabemos poco acerca de estos pueblos, pero se han encontrado aquí algunos esqueletos, herramientas de piedra y hueso y algunos de los primeros círculos de chozas en África, que data del Neolítico (5000 a.C.). Las evidencias sugieren que los habitantes del desierto llevaban un estilo de vida pastoril. Al igual que Kharga, Dakhla estaba dominado por un gran lago o "playa" y se han encontrado grabados rupestres neolíticos, que indican que los elefantes, búfalos, cebras, jirafas y avestruces abrevaban en sus costas. En esos momentos la región era similar a la sabana africana, pero cuando la zona comenzó a secarse la población humana emigró hacia el más hospitalario Valle del Nilo donde se asentaron y se reconvirtieron a la agricultura.

Dakhla parece haber tenido gran importancia durante el Imperio Antiguo y el Imperio Medio, con su capital, posiblemente en Ain Asil, cerca de Balat. Aquí, en el este del oasis, hay un gran asentamiento con un palacio, edificios administrativos y una necrópolis cercana a Qila el-Daba. Se ha encontrado una necrópolis del Primer Periodo Intermedio en Amheida, una de las mayores zonas arqueológicas en el oasis, que fue cubierta posteriormente por una gran ciudad romana.

Durante el Imperio Nuevo la capital se trasladó a Mut, más al oeste, que sigue siendo la principal ciudad de Dakhla en la actualidad. La zona antigua es el templo faraónico de la ciudad, conocido como el Mut el-Kharab ("la ruina de Mut") se encuentra un poco al suroeste de la ciudad moderna. En el extremo norte del oasis está Qasr Dakhla, un pueblo medieval islámico construido sobre cimientos romanos, que se cree que es uno de los pueblos más antiguos habitados continuamente en el oasis de Dakhla.

En tiempos faraónicos los oasis eran lugares con pozos, huertos, viñedos y granjas como lo demuestran muchas de las tumbas del Imperio Nuevo en el Valle del Nilo. Dakhla, en especial parece haber sido muy fértil y conocido por ser un centro de producción de vino, frutas, granos y minerales con los cuales sus habitantes pagaban los impuestos. Hay restos de estructuras Ptolemaicas, pero hasta ahora hay poca evidencia de ocupación griega. Los romanos sin embargo, dejaron muchos restos importantes en Dakhla, incluyendo el recientemente restaurado templo de Amón en Deir el-Hagar. Hay sólo dos templos-fortaleza (que aparecen de forma prominente en Kharga) y gran parte de la arquitectura y el arte romano es muy diferente a la observada en los oasis del sur.

La población cristiana de Dakhla ocupó muchos de los establecimientos romanos durante la última parte del Período Bizantino. La ciudad de Ismant el-Kharab, antigua Kellis, parece haber sido centro administrativo importante durante este período y contiene restos de varias iglesias cristianas.