En la orilla este del Nilo, en el borde del desierto oriental entre Akhmim y Asiut, hay una serie de cementerios que fueron investigados por Petrie entre 1922 y 1931. Estos antiguos cementerio se extienden desde Qaw el-Kebir hacia el norte y sirvieron como cementerio para los habitantes de esta región del Egipto Medio desde la época predinástica hasta la época romana. Toda la zona es generalmente conocida como la región de el-Badari y abarca los cementerios en el-Hammamiya, El Badari, Mostagedda, Deir Tasa y Matmar.

Muchos de los sitios fueron excavados durante la primera parte del siglo XX por Petrie, Guy Brunton, Gertrude Caton-Thompson y otros, bajo la dirección de Petrie. La principal importancia principal de la región es que los hallazgos de estas áreas forman la base que data del período Badariense (5500 a 4000 a.C.) que a su vez constituye la primera fase de la historia predinástica egipcia. La zona abarca 35 km de sur a norte en el borde de la llanura del valle e incluye alrededor de 7.000 tumbas registradas. Los artefactos encontrados durante las excavaciones son variados. Ha sido identificada un tipo de cerámica característica, especialmente negra por la parte superior, vasos de color rojo brillante que Petrie llamó cerámica Badariense. También se encontraron en muchas de las tumbas vasos de terracota, vasijas de piedra, figuras de marfil, paletas de pizarra y una gran cantidad de herramientas de sílex.

A partir de estos objetos excavado los arqueólogos han obtenido mucha información sobre la Cultura Badariense. Fueron los primeros agricultores del Valle del Nilo, posiblemente originarios de una zona del Alto Sudán (propuesto por el estilo de la cerámica y por los pequeños utensilios fabricados con dientes de hipopótamos y de marfil procedente del sur de Egipto). Los restos óseos sugieren que eran gente alta que llevaba el cabello en trenzas y prendas tejidas con fibras de lino o de hierba y pieles de animales. También eran cazadores y pescadores, pastoreaban ovejas y ganado vacuno y cultivaban cereales como la escanda y cebada, así como lentejas y tubérculos para complementar su dieta.

Aunque no tenemos ningún resto de viviendas, se han encontrado en el borde del valle huecos de postes, pozos y ceniza de los hogares. Almacenaban su comida en depósitos verticales de gran tamaño o tinajas colocadas en agujeros en el suelo. Los Badarienses fueron los primeros habitantes de Egipto en fabricar objetos de metal en forma de abalorios de cobre y alfileres, pero utilizaban herramientas de sílex y de pedernal para crear la hermosa cerámica que vemos hoy en los museos. La mejor cerámica conocida de este periodo es la cerámica negra por la parte superior y bruñida que se llevó a cabo en los Periodos Nagada. Estaban influenciados por el mundo que les rodeaba, produciendo cerámica de textura en forma de cestas, calabazas y jarras en forma de animales.

En esta época ya se utiliza el horno para la producción de alfarería.

Gran parte del conocimiento que tenemos de los enterramientos predinásticos proviene de los cementerios en el Alto y Medio Egipto, mientras que el Bajo Egipto ha revelado sobre todo lugares de asentamiento predinásticos.

A principios de 1900 Flinders Petrie instrumentalizó la creación de un marco para la datación de los Períodos Predinásticos Medio y Final, a partir de la cerámica y del pedernal encontrados en las tumbas de la región del Naqada en el Alto Egipto (datación secuencial). Llamó a estos períodos cronológicos como Naqada I y II, que ahora son más comúnmente conocidos como los períodos Amratian y Gerzeanse. Cuando Guy Brunton y Gertrude Caton-Thompson excavaron en el-Hammamiya durante la década de 1920 su principal objetivo era confirmar la relación entre las culturas Badariense y de Naqada, lo que se hizo cuando se encontraron niveles Badariense inferiores a los nivel del período de Naqada. En recientes investigaciones en el-Hammamiya, Diane Holmes ha descubierto un asentamiento que contiene pequeñas chozas, que pudieron ser refugios para animales, datados en los períodos desde el Badariense hasta Naqada II.

En Mostagedda, Deir Tasa y Matmar hay un pequeño cementerio que data de la fase de Amratian (Naqada I) de la cultura predinástica.