El moderno pueblo de Abukir está situado en el extremo occidental de la bahía de Abukir, en la costa mediterránea, 19 kilómetros al este de Alejandría. Los antigüos escritores griegos describen dos ciudades decadentes, Canopus (Per-Guty egipcio) y Herakleion (Tonis para los egipcios), en la extinta desembocadura de la rama Canópica del Nilo. Las ciudades comenzaron a declinar después de la fundación de Alejandría en el 331 a.C., para acabar tragadas por el mar.

Una gran cantidad de textos antigüos documenta las ciudades. Herodoto visitó Canopus durante el siglo V a.C., mientras que Estrabón visitó Herakleion siglos más tarde a principios del primer milenio, y Séneca, escritor de la misma época, condenó a las ciudades como decadentes y corruptas. La riqueza original de las ciudades parece haber derivado de la recaudación de impuestos sobre las mercancías que entraban en los puertos de la costa para ser enviadas río arriba. El famoso "Decreto de Canopus", emitido por los sacerdotes reunidos en Canopus en 238 a.C. en honor de Ptolomeo III Evergetes (que se encontró en Tanis por Karl Lepsius) ofrece un texto en tres idiomas, que ha sido de enorme valor en el estudio de la lengua egipcia antigüa, comparable a la Piedra de Rosetta.

Las leyendas griegas dicen que la ciudad de Canopus fue llamada así por el piloto homérico Menelao, del cual se decía que había estado en Herakleion después de la guerra de Troya. Asimismo, la ciudad de Heraklion, según Herodoto, fue llamada así por Heracles, también de fama Homérica. Los habitantes de Canopus se sabe que adoraban los vasos con forma de cabeza humana representando a Osiris, representados en algunas monedas romanas de la ceca de Alejandría. Por eso, los curiosos europeos fueron los primeros en apreciar esta imagen que se encontraba, a partir del siglo XVII, en la mayoría de los gabinetes de curiosidades, ya que Roseta era una de las ciudades donde residían los cónsules europeos que facilitaban las transacciones comerciales con sus naciones. Los primeros egiptólogos tomaron esta imagen para dar el nombre de los vasos con forma de cabeza humana utilizados para guardar las vísceras durante el proceso de momificación. Sin embargo, es una idea errónea que los "vasos canopos" encontrados en las tumbas tengan nada que ver con la ciudad de Canopus, aunque se haya mantenido el nombre.

Durante muchos siglos hemos sabido de la existencia de Canopus y Herakleion y la zona de Abukir ha sido visitada por muchos viajeros desde el siglo XVIII, que seguían la línea de costa con la esperanza de encontrar evidencia de las ciudades en ruinas. Las ciudades sumergidas han captado la atención de los viajeros desde hace mucho tiempo y Canopus no es una excepción, pero hasta hace poco no se ha tenido pruebas documentadas de qué catastrófico desastre pudo haber ocurrido para causar la desaparición repentina y total de estas ciudades, probablemente alrededor del siglo VIII d.C. Se especula varias opciones: terremotos, inundaciones, colapso de subsistencia y el aumento en los niveles del mar.

En 1999 se anunció el espectacular descubrimiento de las ruinas casi intactas de Canopus y Herakleion por una expedición del equipo de arqueólogos marinos franceses dirigido por Franck Goddio. Desde entonces, con la ayuda de los métodos más modernos en tecnología submarina, el Instituto Europeo de Arqueología Subacuática, en colaboración con el Consejo Supremo de Antigüedades Egipcias han hecho muchos importantes descubrimientos durante varias temporadas de buceo en la costa en la bahía de Abukir. La enorme importancia del lugar radica en su existencia antes de la fundación de Alejandría y en el hecho de que sus monumentos se han conservado en gran medida, a pesar de su estado ruinoso, bajo el agua en la bahía de Alejandría.