La Coptos griega, en egipcio antiguo Gebtu (Kebto o Keft copta), se sitúa en el extremo de la carretera que conduce al wadi Hammamat. La ciudad estaba orientada para la explotación del desierto. Contaba con gran número de habitantes encargados de explotar las minas y descubrir nuevos filones. Desde Coptos iban a las minas los contingentes de canteros y talladores. La ciudad contaba también con numerosos artesanos refinadores de oro y orfebres famosos en todo Egipto.

Desde la época del predinasticismo, Coptos ha sido uno de los puntos más favorables del asentamiento humano en el Alto Egipto. Con una gran cuenca agrícola, este puerto fluvial se estableció en la desembocadura de una de las vías principales que unen el Valle del Nilo con el Mar Rojo, el Wadi Hammamat, camino que también permite el acceso a depósitos minerales. Durante más de cuatro milenios, la ciudad ha sido un centro económico próspero, adornado con monumentos por todos los principales soberanos. El declive de la ciudad es sensible desde el siglo IX, a favor de Qus, que se convierte en la capital regional.

A pesar de su enorme potencial arqueológico y la conservación de la antigua aglomeración en una superficie de 1,5 Ha, las misiones arqueológicas en Coptos fueron sorprendentemente raras: una larga campaña de Petrie en 1893-94 identificó las etapas principales del desarrollo del Templo de Min e Isis. En 1910-1911, Adolphe Reinach, secundado primero por R. Weill, luego por el arquitecto Martinaud, descubrió otros santuarios al sur del templo principal y dibujó la topografía urbana. Luego se continuó la exploración de este enorme sitio en forma de trabajos puntuales, estadounidenses (entre otros, D. Dunham 1923, S. Herbert y A. Berlin con la Universidad de Assiut, 1987-92), egipcios (Labib Habachi 1956, Rabi 'Hamdan 1979-1981), Australianos (Gregory Gilbert 2000-02) En 2000, una gran exposición y un coloquio internacional organizados en el Museo de Bellas Artes de Lyon, que alberga la principal colección francesa de objetos coptos, permitió hacer balance del sitio.

En 2002, con el apoyo de Ifao, la misión arqueológica francesa de Coptos, reanudó la exploración de sitio.

Desde entonces, la investigación se ha centrado en el área del templo de Min e Isis, cuya fachada monumental, en los pilonos, se ha reorganizado por completo. A partir de 2005, se llevaron a cabo limpiezas en la supuesta ubicación de la esquina sureste del témenos del Gran Templo. Se encontraron docenas de bloques de piedra caliza pertenecientes a los marcos de tres puertas diferentes. La cornisa del dintel de la más imponente de estas puertas tenía el nombre del Partenios hijo de Pamin, "próstatas de Isis", y data del año 9 del reinado de Nerón, (es decir, año 63 de nuestra era); El monumento fue dedicado a Isis, "La Gran Diosa". Una inscripción secundaria, en uno de los montantes, nombra al emperador Antonino, lo que confirma que la puerta todavía estaba en uso a mediados del siglo II. Las puertas se encontraban en 2014 en el proceso de anastilosis.

Por otro lado, estos trabajos han destacado el abandono de la muralla helenística del témenos en su parte oriental. El muro ha sido nivelado y cubierto por un edificio que se remonta al siglo II, del cual solo quedan los cimientos. Esta construcción es parte de un conjunto de vastas estructuras romanas, quizás capillas, que bordean la calle a lo largo del muro sur de los principales témenos. Esta información sobre los desarrollos en torno al recinto Ptolemaico complementó los datos observados y mapeados en el gran recinto tardío de Nectanebo.

En 2009, Peter Grossmann identificó y estudió el baptisterio copto, que, según datos arquitectónicos y fuentes históricas indirectas, data del siglo VI. Al sur del baptisterio hay una estructura cuadrangular tardía, ahora reducida a la línea de piedra que delimita sus cimientos. Está hecho de bloques con el nombre de Ptolomeo IX Soter II, tomados de un monumento que todavía estaba en pie en el momento en que sirvió como cantera. El desmantelamiento de los cimientos restantes, autorizado por el MSA en 2013, permitió comenzar el estudio sistemático y la conservación de estas piedras.

La pequeña capilla en el nombre de Ptolomeo IV excavada desde 2011 demostró ser una mammisi según algunas escenas y textos que afortunadamente se conservan. Ubicado dentro de los témenos de Min e Isis, está alineada con el eje procesional que proviene de la necrópolis del sur (Kom el-Kuffar) a través del recinto de los templos del sur. El pavimento del santuario está casi completo.