Mut el-Kharab (las Ruinas de Mut) se encuentra en la ciudad antigua, de la moderna ciudad de Mut. Probablemente se llama así por la diosa Mut, consorte de Amón. Este área se encuentra al suroeste de la ciudad y en sus ruinas están representados muchos períodos de la historia egipcia, aunque en su mayor parte permanecen enterrados bajo las arenas del desierto. Dos estelas adquirida en 1894 por el Museo Ashmolean de Oxford, datadas en la Dinastía XXII durante los reinados de Sesonquis I y III o IV, se refieren a un oráculo de Set. Se cree que en el sitio del templo de Mut el-Kharab se destacó la importancia de Mut y el culto de Seth durante los últimos períodos de la historia egipcia.

Mut el-Kharab contiene el mayor complejo templario que se ha encontrado hasta el momento en Dakhla y desde 2001 los restos han sido objeto de investigación por el Proyecto del Oasis de Dakhla. Su tarea es difícil, ya que el sitio ha sido saqueado durante siglos. El área fue cercada durante el Período Romano con una pared de adobe que mide 240m por 180m, que todavía tiene una altura de 8m en algunos lugares. Se han encontrado varios pozos y cementerios dentro del recinto.

El templo estaba dedicado al dios Seth y aunque está en muy mal estado de conservación se han encontrado fragmentos de bloques decorados con cartuchos de Tutmosis III, Horemheb, Psusenes I, Psametico I y algunos soberanos Ptolemaicos. Seth era una deidad importante en el Oasis de Dakhla a partir del Tercer Período Intermedio, y especialmente durante el Período Romano. La temporada de excavación de 2005 han proporcionado evidencias para datar los restos existentes del templo a principios del Período Romano, pero hay superpuestos depósitos del Tercer Periodo Intermedio y tal vez del Imperio Nuevo. No se han descubierto bloques decorados a partir de los restos romanos, ya que parece que los soberanos romanos volvieron a utilizar los bloques de los templos anteriores desde la Dinastía XVIII hasta el Periodo Ptolemaico. Estos bloques contienen referencias a Seth, Amón y varios sacerdotes. En un pozo dentro de una habitación en el complejo del templo se ha encontrado una colección de moldes de yeso y cerámica para la producción de amuletos en serie con una gran imagen de un dios alado con cabeza de halcón, similar a la imagen alada de Seth en el templo de Hibis, y de la deidad local Amón-Nakht encontrada en Ain Birbiya.

Las arqueólogos afirman que Mut fue uno de los sitios más importantes del desierto occidental, posiblemente, la capital de Dakhla a partir del Imperio Nuevo. La evidencia de ocupación desde los comienzos del Imperio Antiguo se debe a la cerámica de la Dinastía VI que se ha encontrado en los estratos más bajos descubiertos hasta ahora.