Gezer es mencionada por primera vez en los textos egipcios de Tutmosis III, y posteriormente en Josué cuando los israelitas derrotaron al Rey Horam de Gezer y a su ejército, cuando trataron de ayudar a Laquis. Gezer también es mencionada en las Cartas de Amarna. El gobernante de Gezer escribe: "Para que el rey, mi señor, salve su tierra del poder de los habiru". Obviamente, existía un ataque y toma de muchas tierras de Canaán por parte de estos habiru. Este patrón parece coincidir con los relatos de conquistas en Josué y en Jueces.

Gezer también es mencionada en la Estela de Merenptah, conmemorando la campaña del Faraón. "Canaán ha sido saqueada con todos los males. Ascalón ha sido vencida. Gezer ha sido capturada. Yanoam es como lo que no existe. Israel está desolada (y) no existe su simiente." La campaña de Canaán mencionada en la estela, también puede estar representada por cuatro escenas de batalla en Karnak, cerca de la sección del Tratado de Qadesh. En estas escenas hay tres sitios hechos a ciudades y una batalla en un área abierta. Una de las ciudades está identificada en la inscripción como Ascalón,?los otros nombres no se han preservado. Ascalón puede haber estado bajo control israelita a principio y mediados del periodo de Jueces. Una teoría alega que la batalla en el área abierta es entre el Faraón Merenptah e Israel, y las tres ciudades representadas son las mencionadas en la estela, y Gezer puede ser una de las dos no mencionadas. Corroborando este registro egipcio, las excavaciones en Gezer muestran señales de destrucción hacia el final del siglo XIII a.C.

Ciertos investigadores han identificado edificios contemporáneos en Gezer como una sede administrativa. Ciertamente, la presencia en Gezer de un bloque de piedra inscrito con textos jeroglíficos bien podría indicar que los egipcios establecieron una base en la ciudad para desalentar una nueva insurrección.

Las evidencias arqueológicas de los tres efímeros gobernantes que terminaron la Dinastía XIX, en los quince años que siguieron a la muerte de Merneptah, es difícil de conseguir. Ninguno de estos monarcas dejó constancia de una campaña sirio-palestina. Sin embargo, Egipto pudo haber conservado sus guarniciones o puestos administrativos en al menos dos ciudades cananas del sur. Se han encontrado fragmentos de vasos impresos con los cartuchos de Seti II asociados con la sede administrativa tanto en el sur de Tell el-Farah y en el sitio A-289 de Haruba. Al contrario, los nombres de Seti, su esposa, la reina Tawosret y Siptah, se evidencian únicamente en unos pocos escarabeos y un jarrón de loza que se encontró en un templo en el sitio transjordano de Deir 'Alla.

La ciudad de Gezer, al igual que muchos de los lugares elegidos por los egipcios para servir como sede administrativa o militar, estaba situada en la confluencia de dos caminos antiguos muy importantes. El primero, la Via Maris, corrió de norte a sur y formó el enlace entre las bases del sur de Deir el-Balah, Tell el-Ajjul, Gaza y Ashdod. Fue quizás el camino troncal, comercial y militar más importante en la antigua Canaán. La segunda ruta, que va desde Gezer, a través de Shephelah, hasta la región montañosa, también fue de vital importancia como una de las principales arterias que conectaba los asentamientos de las tierras altas y bajas. La posición de Gezer era el nexo entre dos viales extremadamente transitados y estratégicos. Se cree que la ciudad fue destruida antes o durante el reinado de Tutmosis III, en un tiempo en el que Egipto luchaba por establecer su imperio del norte. Sin embargo, en el período LB IIA, la ciudad parece haberse recuperado y las excavaciones revelaron un impresionante palacio del siglo XIV en la acrópolis del sitio. Aunque la ciudad acogió a una guarnición egipcia durante un período particularmente difícil en las guerras con la región montañosa, los gobernantes de Gezer parecen haber mantenido su autonomía en la mayor parte del período LB IIA. De hecho, la evidencia de las cartas de Amarna muestra que disfrutaron de un estatus muy alto en sus relaciones con el faraón y sus embajadores. Los edificios monumentales del sitio y las numerosas importaciones egipcias atestiguan la riqueza de la ciudad en este período y sus estrechas relaciones con Egipto.