Deir Abu Metta está situado en el oasis de Dakhla a 8 km al sureste de El-Qasr y a. 6 km al sureste del sitio arqueológico de Amheida (antiguo Trimithis). El área de los restos arqueológicos visibles es bastante limitada y está rodeada al norte, al oeste y al este por algunas tierras desérticas, viviendas y campos cultivados, y al sureste por una carretera pavimentada.

La iglesia es el edificio visible más grande del sitio. Está orientado este–oeste y es de forma rectangular, midiendo aprox. 24 m este–oeste por 10,35 m norte–sur. Las paredes de barro son de más de 1 m de espesor y todavía están de pie varios metros sobre el nivel del suelo. Fueron construidas en secciones que apoyaban un techo con vigas, como lo sugieren los agujeros que perforan la pared sur. Un triconch, cuya entrada está enmarcada por dos pilares, se ubica dentro de la iglesia en la pared del este. A los lados de las conchas laterales, contra las esquinas noreste y sureste del edificio, se encuentra la pastoforia en forma de L. Según el plano de Grossmann, la iglesia estuvo originalmente dividida en una nave y dos pasillos laterales por dos filas de seis pilares cuadrados, con un pilar adicional en forma de L en el extremo oeste. Un pasillo de retorno a lo largo del lado oeste del edificio unió las dos columnatas por medio de dos pilares cuadrados, formando un ambulatorio alrededor de la nave central. Todavía es visible contra la sección norte de la pared oeste una mastaba. La evidencia de una puerta relativamente estrecha —posiblemente una entrada secundaria a la iglesia— fue detectada hacia el extremo oeste de la pared norte. La puerta principal pudo estar colocada en la pared oeste.

Las excavaciones realizadas a lo largo de la pared norte de la iglesia revelaron numerosos enterramientos cristianos primitivos, aunque todos habían sido perturbados. En esta misma área se encontramos algunos pozos excavados en dirección este–oeste, lo cual es típico de las primeras prácticas cristianas, que podrían haber contenido los cuerpos. Los enterramientos en el norte de la iglesia son extremadamente importantes para el estudio de las prácticas de enterramiento cristiano temprano. Se suponía que la tradición de enterrar a los muertos dentro de las iglesias o junto a las paredes exteriores de las iglesias no fue introducida hasta el siglo V. Las excavaciones en, y alrededor, de la Iglesia del Oeste en Ismant el–Kharab (antigua Kellis) han demostrado que esta práctica estaba operando en Dakhla a finales del siglo IV.

Otras paredes, más tardías que la iglesia, fueron encontradas al norte y al oeste. Un edificio ancho, a modo de torre, fue excavado al oeste de la basílica. Es posible que al menos algunas de las estructuras excavadas en la proximidad de la iglesia estuvieran asociadas con un establecimiento monástico a pequeña escala, cuya existencia en la Antigüedad tardía es sugerida por el nombre moderno del sitio (también conocido como Deir al-Saba Banat, "Monasterio de las Siete Vírgenes".

Se encontraron monedas del siglo V y cerámica datable del V al VII. Por lo tanto, Es posible que la iglesia de Deir Abu Metta fuese construida aproximadamente al mismo tiempo que otras iglesias en el oasis de Dakhla, como en Kellis y Ain el-Gedida.